Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Maahad Muar terletak di Jalan Jonid, lebih kurang dua kilometer di pinggir Bandar Maharani Muar, Johor. Penuntut-penuntut yang belajar di sekolah ini adalah terdiri daripada pelajar Islam lelaki dan perempuan yang datang dari daerah Muar, Batu Pahat dan Pontian dalam negeri Johor.

Pada awal penubuhan sekolah ini,iaitu pada tahun 1963, ia hanya mempunyai satu blok bangunan yang diperbuat daripada kayu yang dibina oleh masyarakat Islam tempatan. Bangunan tersebut dapat mengadakan tiga kelas sahaja iaitu tahun satu, dua dan tiga. Pelajar-pelajar yang ingin melanjutkan pengajian terpaksalah manyambung pelajaran mereka ke sekolah Maahad di Johor Bahru. Jumlah pelajar pada ketika itu hanya lima belas orang sahaja. Setelah pentadbiran sekolah ini diserahkan kepada Jabatan Agama Islam Johor, pihak Jabatan Agama telah membina sebuah bangunan tambahan pada tahun 1972.

Apabila pentadbiran sekolah ini diserahkan kepada Kementerian Pendidikan Malaysia pada tahun 1977 nama sekolah ini ditukarkan kepada Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Maahad Muar. Pada dasarnya sekolah ini adalah sama seperti sekolah menengah kebangsaan yang lain. Walau bagaimanapun sekolah ini ada keistimewaannya yang tersendiri iaitu memberi peluang kepada pelajar-pelajarnya mengambil mata pelajaran Bahasa Arab Tinggi, Bahasa Arab Komunikasi dan Pengajian Agama Islam Tinggi. Mata pelajaran khas ini membolehkan lepasan sekolah melanjutkan pelajaran dalam aliran agama di sekolah-sekolah yang mengkhusus dalam aliran tesebur seperti Maahad Johor untuk mendapat Sijil Empat Thanawi dan seterusnya layak melanjutkan pelajaran ke Mesir. Keistimewaan lain yang menjadi matlamat sekolah ini adalah ia berorientasikan Falsafah Pendidikan Islam dan Falsafah Pendidikan Negara.

Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Maahad Muar (SMKA Maahad Muar) bermula pada tahun 1977 dengan satu kelas sahaja menempatkan sejumlah pelajar seramai 12 orang (3 pelajar lelaki dan 9 pelajar perempuan). Kumpulan pelajar ini menamatkan persekolahan mereka di SMKA Maahad Muar pada tahun 1979 iaitu selepas peperiksaan Sijil Rendah Pelajaran (SRP). Kumpulan pelajar ini meneruskan pelajaran mereka di sekolah-sekolah yang lain seperti Kolej Islam Klang dan sebagainya.

Kumpulan kedua pelajar sekolah ini pada tahun 1978, menempatkan empat buah kelas dengan nama Abu Bakar, Omar, Ali dan Othman. Kumpulan pelajar 1978 juga merupakan kumpulan pertama pelajar tingkatan empat sekolah ini pada tahun 1981 dan juga kumpulan pertama yang menduduki peperiksaan Sijil Pelajaran Malaysia (SPM).

Pada tahun 1977 sekolah ini diserahkan pula di bawah pentadbiran Kementerian Pendidikan Malaysia. Pada awal pengambilannya oleh pihak Kementerian Pendidikan, sekolah ini sukar untuk mendapatkan kepercayaan masyarakat negeri Johor lebih-lebih lagi dengan keadaan fizikal sekolah yang usang dan uzur dan tidak mempunyai kelengkapan yang diperlukan bagi sesebuah sekolah menengah.Sehubungan dengan itu juga kurikulum sekolah bertukar daripada kurikulum asal kepada kurikulum akademik sepenuhnya.Perubahan inilah yang menjadikan masyarakat tempatan sukar untuk menerimanya pada peringkat awal.

Untuk penempatan pelajar-pelajar yang datang dari jauh, pihak kementerian pendidikan telah menyewa rumah-rumah yang berdekatan untuk dijadikan asrama. Pelajar-pelajar terpaksa menunggang basikal dan berjalan kaki ke sekolah dan ada yang jaraknya lebih dari 2 kilometer dari sekolah.

Keadaan telah berubah apabila Kementerian Pendidikan telah mendirikan 5 blok bangunan baru 3 tingkat yang telah selesai pembinaannya pada tahun 1983. Selepas itu barulah sekolah ini mendapat kepercayaan penuh daripada orang ramai.Lebih-lebih lagi sekolah ini telah menunjukkan prestasi yang cemerlang dalam peperiksaan SRP dan SPM setiap tahun.Untuk menampung kekurangan tempat tinggal bagi pelajar-pelajar yang tinggal berjauhan dari sekolah, bilik darjah dan juga makmal sains, pihak Kementerian telah membina sebuah asrama puteri 3 tingkat bersama bangunan dewan makan puteri dan juga 1 blok bangunan makmal sains. Dengan pembinaan bangunan ini, ia dapat menyelesaikan masalah tempat tinggal pelajar-pelajar, lebih-lebih lagi apabila tingkatan 6 telah diwujudkan pada tahun 1987.Pelajar-pelajar juga dapat belajar matapelajaran sains dengan lebih efektif lagi dengan penggunaan makmal sains secara optimum.

Mulai dari tahun 1986, sekolah ini telah memperkenalkan kursus al-Quran dan Tahfiz. 11 orang pelajar telah dipilih untuk mengikuti kelas tahfiz ini dibawah bimbingan 5 orang guru yang mendapat latihan khas mengenai ilmu al-Quran dan Tahfiz. Matlamat kursus ini adalah untuk melahirkan generasi yang mahir dengan al-Quran dan hafaz al-Quran. Selepas tamat tingkatan 5 mereka akan menyambung pelajaran ke Maahad al-Quran dan Tahfiz di Pusat Islam Kuala Lumpur.

Pada tahun 1992, sebuah surau yang diberi nama “Surau Muhajirin” yang boleh memuatkan 300 jemaah telah dibina untuk kemudahan warga Maahad.Pembinaan surau ini adalah usaha pihak sekolah dan juga PIBG Maahad. Ianya menelan belanja sebanyak RM 120,000. Pihak sekolah sangat prihatin mengenai kebajikan kakitangan sekolah terutamanya pihak guru. Untuk memberikan keselesaan berkhidmat di sekolah ini, sebuah bangunan khas telah dibina pada tahun 1999 untuk dijadikan bilik guru yang dilengkapi dengan penghawa dingin. Bangunan bilik guru ini kemudiannya diberi nama ‘Al-Ansar’.

Pihak PIBG sesi 1999/2000 yang begitu prihatin dengan keadaan fizikal sekolah telah berusaha untuk memberi kemudahan untuk pelajar-pelajar beriadah dan mengadakan aktiviti-aktiviti yang lain. Pada tahun 2000, berkat doa dan sokongan semua pihak maka terbinalah sebuah dewan besar yang boleh memuatkan 6 gelanggang badminton. Dewan ini digunakan oleh pelajar-pelajar untuk beriadah, perhimpunan mingguan dan aktiviti-akiviti lain dari masa ke masa.Kedua-dua bangunan Bilik Guru dan Dewan Besar telah dirasmikan oleh Yang Amat Berhormat Dato’ Abdul Ghani bin Othman, Menteri Besar Johor pada bulan Mei 2000.

Pada masa sekarang,sekolah ini telah mendapat sambutan yang begitu menggalakkan dari masyarakat kerana keistimewaan yang meletakkan falsafah pendidikan Islam menjadi teras sekolah ini.Bilangan pelajar yang memohon untuk memasuki sekolah ini tidak kurang 3 ribu orang setiap tahun.Tetapi sekolah ini hanya mampu untuk menerima kira-kira 180 orang sahaja pelajar tingkatan satu.Jumlah pelajar semasa sekolah ini,iaitu dari tingkatan satu hingga tingkatan 5 ialah 850 orang. Boleh dikatakan bahawa sekolah ini sejak ditadbir oleh Kementerian Pendidikan 25 tahun yang lalu, mempunyai potensi yang amat memberangsangkan dengan melahirkan pelajar–pelajar yang mengamalkan akhlak mulia serta berjaya dalam bidang kurikulum dan ko-kurikulum.

Kini SMKA Maahad Muar bakal langkah maju setapak lagi kerana bakal dilengkapi oleh prasarana dan kemudahan fizikal yang baru dan sempurna seperti makmal komputer, blok pentadbiran serta perpustakaan, asrama lelaki dan perempuan, dewan besar, surau, kantin sekolah, dewan makan asrama, padang, kuarters guru dan sebagainya.

Pada tahun 2015, SMKA Maahad Muar telah dipilih oleh Bahagian Pendidikan Islam, Kementerian Pendidikan Malaysia bagi melaksanakan kurikulum TAHFIZ MODEL ULUL ALBAB (TMUA) bermula dengan Tingkatan 1 2015 dan menerima 18 guru Tahfiz yang baharu yang diterajui oleh Ustaz Fazrul Azman bin Khairuddin, penyelaras TMUA 2015.