Тростянецька філія є структурним підрозділом Ліцею №1 Тростянецької міської ради
Управління Тростянецькою філією Ліцею №1 Тростянецької міської ради в межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:
1) засновник – Тростянецька міської ради Сумської області через уповноважений орган (відділ освіти Тростянецької міської ради).
2) керівник закладу освіти – директор опорного закладу Ліцею №1 ТМР.
3) завідувач філією - завідувач філії здійснює безпосереднє керівництво закладом і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу.
3) основний колегіальний орган управління закладом – педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом і Статутом закладу освіти. Керівник закладу освіти є головою педагогічної ради.
4) вищий колегіальний орган громадського самоврядування – загальні збори (конференція колективу закладу освіти, що скликається не менше одного разу на рік).
5) у філії діють:
– органи самоврядування працівників закладу (трудові збори колективу);
– органи самоврядування учнів;
– органи батьківського самоврядування.