Ban đầu, bản đồ sẽ bị bao phủ hoàn toàn bởi mây trắng. Mỗi khu vực bị che phủ trên bản đồ cần được khám phá bằng cách sử dụng Map Fragments và Caramel Spyglasses (2 vật phẩm này còn gọi chung là Sea Rarities), từ đó vĩnh viễn mở khóa khu vực đó và hé lộ một hòn đảo hoặc một Rương Kho Báu, đồng thời thưởng Coins và EXP Star Jellies. Rương Kho Báu chứa một nhóm phần thưởng cố định, trong khi các hòn đảo sẽ có bọn Durianeer hoặc các kẻ địch khác cần tiêu diệt.

Một số khu vực bị che phủ sẽ hiển thị hình ảnh chai thủy tinh ngay cả trước khi được khám phá hoàn toàn; những khu vực này chắc chắn có Rainbow Soda Island (có thể gọi là Đảo Soda Cầu Vồng). Trong đó, hòn đảo Soda Cầu Vồng đầu tiên — cũng là hòn đảo đầu tiên trong trò chơi — sẽ được kích hoạt miễn phí, nhưng tất cả các đảo cầu vồng sau đó đều cần bạn khám phá bằng Sea Rarities. Việc khám phá một số lượng đảo Soda Cầu Vồng nhất định sẽ cho phép người chơi tiếp tục khám phá sâu hơn trong khu vực Tropical Soda Islands.

Bố cục bản đồ Tropical Soda Islands là ngẫu nhiên và sẽ khác nhau giữa mỗi người chơi.

Khi một hòn đảo được khám phá, bạn có thể chọn triển khai một đội Cookie để chiến đấu với kẻ địch trên đảo đó. Các màn chơi tại đây có độ dài gấp đôi so với các màn trong World Exploration và chủ yếu bao gồm các loại kẻ địch độc quyền của vùng Tropical Soda Islands. Mỗi đảo có thứ tự đợt đánh riêng biệt, và thứ tự này sẽ không thay đổi ngay cả khi hòn đảo bị bọn hải tặc chiếm lại.

Nếu đội Cookie bị đánh bại giữa chừng, bạn vẫn giữ lại tiến độ đang có trên đảo đó. Khi triển khai một đội Cookie mới, trận chiến sẽ tiếp tục từ vị trí đã dừng lại, ngoại trừ đợt quái cuối cùng sẽ được hồi phục hoàn toàn. Lưu ý: tiến độ sẽ không được lưu lại nếu bạn chọn đầu hàng hoặc thoát khỏi trò chơi trong lúc chiến đấu.

Nếu một Cookie bị đánh bại trong trận chiến tại Tropical Soda Islands, Cookie đó sẽ bị ướt sũng và không thể tham gia các trận chiến khác trong khu vực này cho đến khi được làm khô tại Sunbeds. Trạng thái này vẫn sẽ xảy ra với bất kỳ Cookie nào bị hạ gục, kể cả khi phần còn lại của đội giành chiến thắng và giải phóng hòn đảo.

Khi một hòn đảo được xóa sạch kẻ địch, ngôi làng trên đảo sẽ được giải phóng. Mỗi ngôi làng sau khi giải phóng sẽ sản xuất phần thưởng dựa trên loại đảo, cụ thể như sau:

✦ Đảo Dừa (Coconut Islands): tạo ra Coins

✦ Đảo Măng Cụt (Mangosteen Islands): tạo ra EXP Star Jellies

✦ Đảo Dứa (Pineapple Islands): tạo ra Stamina Jellies

✦ Đảo Dưa Hấu (Watermelon Islands): tạo ra Crystals

Tất cả phần thưởng sẽ được gửi về Vương Quốc sau mỗi 8 giờ. Bạn cần phải nhận thưởng tại Soda Harbor để các phần thưởng tiếp tục được tích luỹ và gửi về.

Tuy nhiên, hải tặc có thể chiếm lại một hòn đảo sau một khoảng thời gian kể từ lúc đảo được giải phóng. Khi điều này xảy ra, phần thưởng từ đảo đó sẽ ngừng được sản xuất và không được cộng vào lần gửi phần thưởng tiếp theo cho đến khi bạn giải phóng lại đảo. Bạn có thể nhanh chóng giải phóng bằng Time Jumpers.