北部
基隆代天宮- - 宜蘭喚醒堂分靈
基隆明德宮---木柵指南宮分靈
基隆指修宮 - - 木柵指南宮之乩童前來指示建廟(佛教化)
基隆龍泉宮 - - 呂祖以石仙公自行顯化
基隆德修宮 - - 無紀錄
木柵指南宮 - -清光緒八年，淡水知縣王彬林來台履任時迎來。
(張孟剛博士調查，清朝台灣職官表未見王彬林其人。
木柵指南宮文化研究中心吳宗明先生修正為新莊縣丞)
文山聖恩宮 - - 鳳山鎮南宮仙公廟分靈
北投覆民宮 - - 台北永靜廟分靈
台北真聖堂 - - 板橋接源堂(觀音廟)分靈
台北醒心宮 - - 前堂主陳恆慈居士 自宅奉祀
台北覺修宮 - - 淡水行忠堂分靈
台北永靜廟 - - 原廟堂在指南宮山上，日據時遷台北市。
南港三清宮 - - 木柵指南宮分靈
景美仙跡岩 - - 呂祖留仙足印而成廟
三峽福山巖 - - 無紀錄
三峽獅頭巖 - - 無紀錄
土城善息寺 - - 無紀錄
土城全真仙觀 - - 無紀錄
新店平安齋廟 - - 木柵指南宮分靈(指南宮第一支鸞筆收存地)
石碇覺真宮 - - 無紀錄
坪林南山寺 - - 木柵指南宮分靈
卯鯉山拱南宮 - - 基隆代天宮分靈
北海聖安宮 - - 呂祖石仙公自行顯化
汐止拱北殿 - - 木柵指南宮分靈
汐止三聖宮 - -木柵指南宮同靈(原指南宮四大房之一)
中和竟南宮 - - 中和恆升堂
淡水正興宮 - - 先人大陸攜來傳承
蘆洲集善宮 - - 先人大陸攜來傳承
林口雷興寺 - - 木柵指南宮分靈
三重太璞宮 - - 無紀錄(佛教化)
八德指玄宮 - - 木柵指南宮分靈
中部
水里憫世寶宮 - - 前賢戴福枝先生奉祀
竹山天心寶 宮- - 木柵指南宮分靈
竹山玉清宮 - - 祖先傳承
清水八仙宮 - - 祖先傳承
霧峰進南宮 - - 旗山興南宮分靈、再木柵指南宮分靈
彰化八卦山指南宮- - 無紀錄
永靖德義堂天闕宮 - - 鳳山鎮南宮仙公廟分靈
和美天妙寶宮 - - 無紀錄
嘉南
嘉義聖天宮 - - 無紀錄
嘉義鳳蓮宮 - - 大林鎮「過溝保安堂」
嘉義樸靈宮 - - 仙祖自行顯化
崁頭山孚佑宮 - - 呂祖自行顯化而來台
南安定三聖宮 - - 崁頭山孚佑宮分靈
六甲鎮南宮 - - - 木柵指南宮分靈
大內孚陽宮 - -崁頭山孚佑宮分靈
鳳山鎮南宮仙公廟 - - 木柵指南宮分靈
燕巢玄光修道院 - - 無紀錄(原創為屏東玄光宮)
大寮復醒堂 - - 呂祖降示顯化
旗山興南宮 - - 木柵指南宮分靈
天臺寶宮 - - 先人老堂主林令允先生 自宅開宮
天鐘寶宮 - - 木柵指南宮分靈
三教寶宮 - - 未訪問
東部
台東朝南宮 - - 木柵指南宮分靈
花蓮聖宮堂 - - 無紀錄
蘇澳南仙宮 - - 呂祖石像顯化(兒童捏泥)
蘇澳南山宮 - - 呂祖石像顯化(兒童捏泥)
蘇澳指南宮 - - 呂祖石像顯化(兒童捏泥)
宜蘭感應宮 - - 清朝進士楊世芳 攜來
頭城大修宮 - - 呂祖降示顯化
二成瑞陽宮 - - 呂祖石像顯化(兒童捏泥)
依據財團法人北市永靜廟民國五十四年初版，民國五十九年再版之《道鐘警明》第十三頁，
永靜廟分靈，現尚存之呂祖廟有：
台南關仔嶺兜率山紫雲殿(無訪談紀錄)
台南蓮臺山六甲鎮南宮(訪談紀錄為木柵指南分靈)
台南東山鄉崁頭山孚佑宮(訪談紀錄為仙祖自行顯化而來)
台北市城中區覆民宮(已遷北投，訪談紀錄同)
屏東市中正路三教寶宮(訪談紀錄：天鐘寶宮始建預備稱三教寶宮，後三教寶宮遷到三地門；天鐘寶宮則認為係木柵指南宮分靈)。