การจัดการเรียนรู้สำหรับบุคลออทิสติกต้องคำนึงถึงสภาพที่เป็นความบกพร่องของบุคคลออทิสติกที่มีลักษณะอาการและระดับความรุนแรงแตกต่างกัน โดยนักวิชาการได้แบ่งระดับกลุ่มอาการของบุคคลออทิสติกไว้ 3 ระดับ ดังนี้

1. กลุ่มที่มีอาการน้อย

บุคคลออทิสติกกลุ่มนี้ส่วนใหญ่จะมีระดับสติปัญญาอยู่ในเกณฑ์เฉลี่ย หรือสูงกว่าเกณฑ์เฉลี่ย โดยมีพัฒนาการทางภาษาและการเรียนรู้อยู่ในเกณฑ์ดีกว่ากลุ่มอื่น แต่ยังมีความบกพร่องในบางด้าน เช่น ด้านสังคม การรับรู้อารมณ์ความรู้สึกของบุคคลอื่น และการมีปฏิสัมพันธ์กับบุคคลอื่นเรียกว่า กลุ่มออทิสติกที่มีศักยภาพสูง หรือกลุ่มแอสเพอเกอร์ซินโดรม ซึ่งสามารถจัดให้เรียนรู้ทักษะทางวิชาการตามรายวิชาต่าง ๆใน 8 กลุ่มสาระการเรียนรู้ และกิจกรรมพัฒนาผู้เรียนตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 ได้ โดยต้องมีการปรับพฤติกรรมในส่วนที่ยังมีความบกพร่องอยู่ด้วย

2. กลุ่มที่มีอาการปานกลาง

ลักษณะบุคคลออทิสติกกลุ่มนี้มีความล่าช้าในพัฒนาการด้านภาษา การสื่อสาร ทักษะทางสังคม การเรียนรู้ และการช่วยเหลือตนเอง รวมทั้งจะมีพฤติกรรมกระตุ้นตนเองพอสมควร สามารถจัดการเรียนรู้โดยเรียนร่วมกับผู้เรียนทั่วไปในบางกลุ่มสาระการเรียนรู้ได้ และจัดการเรียนรู้แบบบูรณาการภายในกลุ่มสาระการเรียนรู้หรือข้ามกลุ่มสาระการเรียนรู้ ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับสภาพและความสามารถในการเรียนรู้ของผู้เรียนแต่ละบุคคล และตามแผนการจัดการศึกษาเฉพาะบุคคล (IEP) ที่จัดไว้อย่างเหมาะสม

3. กลุ่มที่มีอาการรุนแรง

บุคคลในกลุ่มนี้จะมีความล่าช้าในพัฒนาการเกือบทุกด้าน ตั้งแต่วัยเด็กและอาจเกิดร่วมกับภาวะอื่น ๆ เช่น ภาวะปัญญาอ่อน เป็นต้น หรือบางคนที่มีปัญหาทางอารมณ์ก้าวร้าวรุนแรง บุคคลกลุ่มนี้ควรจัดการเรียนรู้ในลักษณะบูรณาการการเรียนรู้ทางวิชาการแต่ไม่เข้มข้น เพราะยังต้องเน้นในส่วนของสาระการเรียนรู้ที่เสริมสร้างพัฒนาการ ดังนั้นในการจัดกิจกรรมการเรียนการสอนครูผู้สอนควรเน้นการจัดกิจกรรมเพื่อพัฒนาศักยภาพ 5 ด้าน พร้อมทั้งการจัดให้เรียนรู้ทักษะทางวิชาการและทักษะทางวิชาชีพตามศักยภาพ โดยในการจัดกิจกรรมการเรียนรู้ควรใช้เทคนิควิธีการหลากหลาย ที่สอดคล้องกับความต้องการจำเป็นพิเศษทางการศึกษาของผู้เรียนเฉพาะบุคคล ดังนั้นในการนำ IEP สู่การจัดการเรียนรู้สำหรับบุคคลออทิสติกต้องคำนึงถึงสภาพปัญหา ที่แตกต่างอย่างหลากหลายทั้งลักษณะอาการและระดับความรุนแรง ความพร้อมและพัฒนาการในทุกด้าน วิธีการเรียนรู้ ความสนใจและความสามารถของผู้เรียนเป็นเฉพาะบุคคล ตัวอย่างเช่น เด็กออทิสติก มักประสบกับปัญหาด้านประสาทการรับสัมผัสหรือความรู้สึกไม่ถูกต้อง หรือสิ่งที่เด็กรับรู้ผ่านประสาทสัมผัสต่าง ๆ ไม่ประสานเป็นภาพรวมได้ ประสบการณ์ต่างๆ ที่ได้รับก็จะทำให้เกิดความสับสน บุคคลออทิสติกอาจมีปัญหาเกี่ยวกับสัญญาณการรับสัมผัสที่ส่งไปยังสมองหรืออาจมีปัญหาเกี่ยวกับการบูรณาการสัญญาณต่างๆ ที่รับเข้ามา หรืออาจมีปัญหาในทั้งสองลักษณะ ผลจากการทำงานที่ผิดปกติของสมองเป็นผลให้บุคคลออทิสติกมีประสาทสัมผัสที่ไวมากต่อเสียง รส กลิ่น และเสื้อผ้า เด็กบางคนรู้สึกไม่สบายตัวเพราะเสื้อผ้าที่สวมใส่จนไม่เป็นอันเรียน เด็กบางคนไม่ชอบแม้จะถูกกอดเบา ๆ เด็กบางคนเอามือปิดหูและ กรีดร้องเมื่อได้ยินเสียงเครื่องดูดฝุ่น เสียงเครื่องบิน เสียงโทรศัพท์หรือแม้แต่เสียงพัดลม เด็กบางคน ไม่รับรู้ความเย็นหรือความเจ็บปวดที่รุนแรง แต่อาจมีปฏิกิริยามากมายต่อสิ่งต่างๆ ที่เด็กปกติไม่รู้สึก เด็กออทิสติกอาจหกล้มแขนหักแล้วไม่ร้องไห้เลย หรือเด็กบางคนอาจจะโขกศีรษะกับผนังห้องโดยไม่รู้สึกเจ็บ แต่การรับสัมผัสเพียงเบาๆ อาจจะทำให้เขากรีดร้องได้ ดังนั้นจึงดูเหมือนว่าสมองของบุคคลออทิสติกไม่สามารถสร้างสมดุลของประสาทสัมผัสได้อย่างเหมาะสม

บุคคลออทิสติกบางคนแสดงความสามารถด้านต่าง ๆ ได้อย่างน่าทึ่งในวัยเด็กเล็ก ขณะที่เด็กคนอื่นๆ ทำได้แต่ขีดเส้นไปมาไม่เป็นรูปร่าง เด็กออทิสติกบางคนสามารถวาดรายละเอียดสามมิติที่เหมือนจริงได้ เด็กออทิสติกวัย 2-3 ขวบ มีทักษะการมองเห็นที่ดีมากสามารถต่อชิ้นส่วนภา ที่ซับซ้อนได้ เด็กหลายคนอาจเริ่มอ่านได้ก่อนเริ่มพูด บางคนมีพัฒนาการของระบบประสาทสัมผัส ในส่วนของการได้ยินดีมาก ทำให้สามารถเล่นเครื่องดนตรีที่ไม่เคยมีใครสอน หรือเล่นเพลงได้ถูกต้องหลังจากที่ได้ยินเพียงครั้งเดียว เด็กบางคนสามารถจำการแสดงในโทรทัศน์ได้ทั้งรายการ จำหน้าต่างๆ ในสมุดโทรศัพท์ หรือจำชื่อของไดโนเสาร์พันธุ์ต่างๆ ได้ทั้งเล่ม

อย่างไรก็ตามเด็กออทิสติกอาจเรียนรู้ได้ดีและมีประสิทธิภาพในห้องเรียนขนาดเล็กและในห้องเรียนร่วม เด็กปกติช่วยสนับสนุนการเรียนการสอนได้มาก การเรียนรู้แบบร่วมมือเป็นรูปแบบของการให้เด็กปกติเรียนร่วมกับเด็กที่แตกต่างจากเรา ซึ่งเป็นปัจจัยสำคัญยิ่งต่อพัฒนาการการเรียนรู้ของเด็กออทิสติก ในการจัดการเรียนรู้จึงต้องเลือกใช้รูปแบบ/วิธีการที่หลากหลาย เน้นการจัดการเรียนรู้ ตามสภาพจริง การเรียนรู้ด้วยตนเอง การเรียนรู้ร่วมกัน การเรียนรู้ตามธรรมชาติ การเรียนรู้จากการปฏิบัติจริง การเรียนรู้แบบบูรณาการ การใช้วิจัยเป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการเรียนรู้เช่น การวิจัยเกี่ยวกับหลักสูตร การวิจัยในชั้นเรียน เป็นต้น