Awal atau cikal bakal SMP Negeri 2 Kota Tangerang Selatan adalah SMP Persiapan yang berdiri pada 2 Januari 1974. Sejak itu, SMP ini berada di bawah pengelolaan SMP Negeri 48 Jakarta dengan menempati gedung Madrasah Nurul Falah sebanyak 2 buah lokal. Pada tahun 1975, SMP Persiapan menempati bangunan baru sebanyak 3 buah lokal melalui swadaya dan swadana masyarakat Desa Cireundeu.
Dalam perjalanannya, SMP Persiapan ini berkembang cukup pesat dengan beberapa kali mengalami perubahan nama. Pada tahun 1975-1979 bernama SMP 48 Filial Jakarta. Pada tahun 1979 bernama SMP Negeri Ciledug, kemudian pada tahun yang sama, berubah menjadi SMP Negeri Cireundeu. Pada tahun 1999, Dinas Pendidikan Kota Tangerang melakukan proses penomoran ulang untuk SMP Negeri berdasarkan pada urutan/sejarah berdirinya sebuah lembaga pendidikan, SMP Negeri Cireundeu berubah menjadi SMP Negeri 1 Ciputat, Kabupaten Tangerang. Terakhir, berdasarkan Peraturan Walikota Tangerang Selatan No.10 Tahun 2009, SMP Negeri 1 Ciputat, Kabupaten Tangerang berubah menjadi SMP Negeri 2 Kota Tangerang Selatan.
Terpenuhinya persyaratan standar dalam penyelenggaraan pendidikan, pada tanggal 5 Juli 2004, berdasarkan SK Direktur PLP Ditjen Dikdasmen Depdiknas No. 1147A/C3/SK/2004, SMP Negeri 2 Kota Tangerang Selatan mendapat predikat Sekolah Standar Nasional (SSN).
Atas perjuangan seluruh komponen sekolah, pada tanggal 20 Februari 2009, di bawah kepemimpinan Drs.H. Kuswanda, M. Pd., SMP Negeri 2 Kota Tangerang Selatan mendapat sertifikat dari PT TUV Internasional Indonesia sebagai sekolah yang melaksanakan sistem manajemen mutu berbasis ISO.