Intern course
1 month- R & 기초 통계분석 & 생물정보학 기초
2 month- Microbiome & QIIME2 & DADA2
3 month- 데이터 분석 & Git/Git Hub
1-1. R 기초
1-2. R 통계분석
2-1. Bioinformatic and sequencing
2-2. Human microbiome
2-3. Skin microbiome
3. Microbiome analysis
4-1. Lunux basic
4-2. Quality control
5. QIIME2 tutorial
6. BLAST
7. DADA2 tutorial
8. Git & Git hub
Intern project
Project
R환경에서 피부 마이크로바이옴 데이터 기초 분석 수행 (DADA2)
Linux 환경에서 마이크로바이옴 분석 수행 (QIIME)
BLAST 도구를 활용한 결과와 QIIME 분석 결과 비교하기
R 환경에서 마이크로바이옴 기초 분석 수행(Alpha 및 Beta 다양성, 계통 조성 분석 및 시각화)
PICRUSt2를 활용한 기능 예측 및 군간 비교 수행
ALDEx2 및 ANCOM-BC2를 사용한 Differential abundance analysis 수행
Network 분석 수행을 통한 통합적 이해
Task
Alpha diversity 의 군간 평균, 95% CI값을 R 을 활용하여 정리
Beta diversity 에서 PERMANOVA 를 사용한 통계분석 수행
Taxonomy 에서 평군 relative abundance가 1%이상인 Genus 정리
Differential analysis test(ALDEXx2, ANCOM2) 를 통한 군간 marker microbiome 확인
Network 분석에서 군간 Hub (key stone) 확인