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Project
| Project
피부 미생물 데이터를 분석하여 feature table 만들기 Taxonomy Alignment 하기 (QIIME2, DADA2)
Alpha, Beta diversity와 Taxonomy Composition 시각화 자료를 만들고 해석하기
Network 분석을 통해 병변과 비병변의 차이 분석하기
PICRUSt2를 이용해 functional prediction분석하고 시각화하기(LINUX)
분석 결과 시각화 하기 (using Python, R)
| Task
각 데이터에서 dplyr(R), Numpy-Pandas(Python)을 이용하여 각 샘플마다 Ficmicutes와 Actinobacteria의 Phylum의 비율 출력하기
피부 Scalp 부위에서 전체 샘플에서 relative abundance가 1%이상인 Genus알아내기
Differential analysis test(ALDEXx2, ANCOM2) 를 통해서 marker microbiome알아내기
Amplicon
Processing
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