原著論文
2021-
Yushi Kurotaki, Atsuo S. Nishino, Sho Fujii* (2025) Membranous interacting partners of phage-type plastid RNA polymerase have limited impact on plastid gene expression during chloroplast development. bioRxiv doi: 10.1101/2025.05.13.653719
VM Palomar, Y Cho, S Fujii, MH Rothi, S Jaksich, J-H Min, AN Schlachter, J Wang, Z Liu, AT Wierzbicki (2024) Membrane association of active genes organizes the chloroplast nucleoid structure. Proceedings of the National Academy of Sciences 121 (28): e2309244121
S Fujii*, H Wada, K Kobayashi (2024) Orchestration of Photosynthesis-Associated Gene Expression and Galactolipid Biosynthesis during Chloroplast Differentiation in Plants. Plant and Cell Physiology, 65 (6): 1014–1028
A Yoshihara, K Kobayashi, N Nagata, S Fujii, H Wada, K Kobayashi* (2023) Anionic lipids facilitate membrane development and protochlorophyllide biosynthesis in etioplasts. Plant Physiology 194 (3): 1692-1704
VM Palomar, S Jaksich, S Fujii, J Kuciński, AT. Wierzbicki* (2022) High-resolution map of plastid-encoded RNA polymerase binding patterns demonstrates a major role of transcription in chloroplast gene expression. Plant Journal 111 (4): 1139-1151
S Fujii, K Kobayashi*, YC Lin, Y Liu, Y Nakamura, H Wada (2022) Impacts of phosphatidylglycerol on plastid gene expression and light induction of nuclear photosynthetic genes. Journal of Experimental Botany 73 (9), 2952–2970
Before 2020
J Kuciński, S Chamera, A Kmera, MJ Rowley, S Fujii, P Khurana, M Nowotny, AT Wierzbicki* (2020) Evolutionary History and Activity of RNase H1-Like Proteins in Arabidopsis thaliana. Plant and Cell Physiology 61 (6), 1107-1119
C-M Yeh, K Kobayashi, S Fujii, H Fukaki, N Mitsuda, M Ohme-Takagi* (2020) Blue light regulates phosphate deficiency-dependent primary root growth inhibition in Arabidopsis. Frontiers in plant science 10, 1803
S Fujii, N Nagata, T Masuda, H Wada, K Kobayashi* (2019) Galactolipids are essential for internal membrane transformation during etioplast-to-chloroplast differentiation. Plant and Cell Physiology 60 (6), 1224-1238
S Fujii, K Kobayashi*, N Nagata, T Masuda, H Wada (2018) Digalactosyldiacylglycerol is essential for organization of the membrane structure in etioplasts. Plant Physiology 177 (4), 1487-1497
S Fujii, K Kobayashi*, N Nagata, T Masuda, H Wada (2017) Monogalactosyldiacylglycerol facilitates synthesis of photoactive protochlorophyllide in etioplasts. Plant physiology 174 (4), 2183-2198
K Kobayashi*, A Ohnishi, D Sasaki, S Fujii, A Iwase, K Sugimoto, T Masuda, H Wada (2017) Shoot removal induces chloroplast development in roots via cytokinin signaling. Plant Physiology 173 (4), 2340-2355
K Kobayashi*, S Fujii, M Sato, K Toyooka, H Wada (2015) Specific role of phosphatidylglycerol and functional overlaps with other thylakoid lipids in Arabidopsis chloroplast biogenesis. Plant Cell Reports 34 (4), 631-642
S Fujii#, K Kobayashi#*, Y Nakamura*, H Wada (2014) Inducible Knockdown of MONOGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL SYNTHASE1 Reveals Roles of Galactolipids in Organelle Differentiation in Arabidopsis cotyledons. Plant Physiology 166 (3), 1436-1449
K Kobayashi*, S Fujii, D Sasaki, S Baba, H Ohta, T Masuda, H Wada (2014) Transcriptional regulation of thylakoid galactolipid biosynthesis coordinated with chlorophyll biosynthesis during the development of chloroplasts in Arabidopsis. Frontiers in plant science 5, 272
総説・解説
英文
Sho Fujii, Noriko Nagata, Koichi Kobayashi* (2025) Membrane lipid–driven thylakoid biogenesis coordinating chlorophyll synthesis and expression of photosynthetic proteins. Plant and Cell Physiology, accepted
S Fujii, H Wada, K Kobayashi* (2019) Role of galactolipids in plastid differentiation before and after light exposure. Plants 8 (10), 357
日本語
野戸康生，藤井祥（2024）葉緑体が発達するときの転写制御のしくみに迫る. アグリバイオ 8 (12): 1035-1039
吉原晶子*，小林啓子，永田典子，藤井祥，和田元，小林康一（2024）エチオプラスト内膜系における酸性脂質の役割. 光合成研究 34: 31-37
藤井祥，永田典子，増田建，和田元，小林康一* (2018) エチオプラストの発達と葉緑体への分化過程におけるガラクト脂質の役割. 光合成研究 28: 139-147
書籍
S Fujii, H Wada, K Kobayashi* (2018) Genetic Analysis of Chloroplast Biogenesis, and Function and Mutant Collections. In Plastids, 341-365
学会発表
萩原侑輝，藤井祥（2025）「葉緑体分化時の急速な転写誘導を実現する色素体RNAポリメラーゼと核様体の挙動を探求する」日本植物学会第89回大会（ポスター）
野戸康生，萩原侑輝，上床理紗，小林康一，永田典子，高林厚史，藤井祥（2025）「葉緑体におけるチラコイド膜形成と遺伝子発現制御の関係性の解明」日本植物学会第89回大会（口頭）
藤井祥，黒滝悠志（2025）「色素体クロマチン免疫沈降法を用いて葉緑体のファージ型RNAポリメラーゼの機能を探索する」日本植物学会第89回大会（口頭）
Yuki Hagiwara, Sho Fujii (2025) Exploring regulatory mechanisms of plastid-encoded RNA polymerase during chloroplast differentiation. 第66回日本植物生理学会年会（ポスター）
黒滝悠志，藤井祥（2025）「葉緑体RNAポリメラーゼの機能における相互作用因子pTAC14のメチルトランスフェラーゼ活性の役割」第66回日本植物生理学会年会（ポスター）
Akira Iwase, Noriko Nagata, Sho Fujii, Arika Takebayashi, Hirosi Hisano, Takashi Yaeno, Koichi Kobayashi, Keiko Sugimoto (2025) Plastid dynamics and regulatory mechanisms during callus formation. 第66回日本植物生理学会年会（口頭）
黒滝悠志，藤井祥（2025）「葉緑体分化過程におけるファージ型色素体RNAポリメラーゼの機能解析」第66回日本植物生理学会年会（口頭）
川向真翔，吉原晶子，小林啓子，永田典子，藤井祥，小林康一（2025）「エチオプラストにおけるホスファチジルグリセロール完全欠損の影響」第66回日本植物生理学会年会（口頭）
野戸康生，萩原侑輝，上床理紗，小林康一，永田典子，藤井祥（2024）「葉緑体における転写は膜脂質合成によって促進される」東北植物学会第14回大会（口頭）
黒滝悠志，藤井祥（2024）「葉緑体発達過程における色素体のファージ型RNA ポリメラーゼRPOTmp の機能制御メカニズム」東北植物学会第14回大会（口頭）
藤井祥（2024）「ダイナミックな葉緑体の転写制御を解き明かすptChIP 解析」東北植物学会第14回大会（口頭）
池田栞梨，辻本侑生，藤井祥（2024）「葉緑体の変化から見る八戸伝統野菜「糠塚きゅうり」の色変化メカニズム」東北植物学会第14回大会（ポスター） 【優秀発表賞 受賞】
新井田悟，藤井祥（2024）「葉緑体における膜脂質合成誘導系を用いて光合成遺伝子の発現制御メカニズムを解き明かす」東北植物学会第14回大会（ポスター）
萩原侑輝，藤井祥（2024）「葉緑体分化の過程における葉緑体RNA ポリメラーゼの機能制御メカニズムの探究」東北植物学会第14回大会（ポスター）
丸岡龍平，岩瀨哲，藤井祥（2024）「コルメラ細胞におけるアミロプラスト分化の制御メカニズムの探索」東北植物学会第14回大会（ポスター）
Kosei Noto, Yuki Hagiwara, Koichi Kobayashi, Noriko Nagata, S Fujii (2024) Thylakoid lipid biosynthesis is fundamental for plastid gene expression. 2nd Asia-Oceania International Congress on Photosynthesis (poster)
黒滝悠志，藤井祥，Andrzej T Wierzbicki（2024）「色素体コードRNAポリメラーゼに特異的な転写開始点の網羅的な探索」日本植物学会第88回大会（ポスター）
萩原侑輝，藤井祥（2024）「葉緑体発達時における色素体RNAポリメラーゼの機能制御と膜局在性の関係」日本植物学会第88回大会（ポスター）
藤井祥，野戸康生，川島祐介，石川将己，VM Palomar，AT Wierzbicki，西村芳樹（2024）「チラコイド膜上のDNA結合タンパク質MFP1が葉緑体核様体の構造と遺伝子発現に与える影響」日本植物学会第88回大会（ポスター）
野戸康生，萩原侑輝，小林康一，藤井祥（2024）「チラコイド膜脂質が葉緑体RNAポリメラーゼの機能に与える影響」日本植物学会第88回大会（ポスター）
大目歩果，上床理紗，小林啓子，高橋綾子，大崎有美，秋田佳恵，藤井祥，小林康一，永田典子（2024）「dgd1変異体を用いた色素体分化転換時の膜構造形成機構の解析」日本植物学会第88回大会（ポスター）
上床理紗，大目歩果，吉原晶子，小林啓子，高橋綾子，大崎有美，秋田佳恵，藤井祥，小林康一，永田典子（2024）「酸性脂質がエチオプラストから葉緑体への分化に与える影響 ～膜脂質変異体を用いた超微構造学的解析～」日本植物学会第88回大会（ポスター）
野戸康生，永田典子，小林康一，藤井祥（2024）「チラコイド膜脂質が色素体遺伝子発現に与える影響」第36回植物脂質シンポジウム（ポスター）
Sho Fujii, Akiko Yoshihara, Koichi Kobayashi (2024) Thylakoid lipid biosynthesis as a trigger of photosynthesis-associated gene expression and chloroplast biogenesis. International Symposium on Photosynthesis Research in Honor of Eva-Mari Aro (EMA2024) (invited)
Akiko Yoshihara, Sho Fujii, Koichi Kobayashi (2024) Membrane lipids play crucial roles in chlorophyll biosynthesis during chloroplast biogenesis. 18th International Congress on Photobiology (invited)
久野裕，金俊植，永田典子，松島良，藤井祥，岩瀬哲，八丈野孝，小林康一（2024）「オオムギの培養組織における色素体遺伝子の発現」日本育種学会第146回講演会（口頭）
Sho Fujii, Kosei Noto, V Miguel Palomar, Masaki Ishikawa, Yusuke Kawashima, Andrzej T Wierzbicki, Yoshiki Nishimura (2024) Membrane-associated DNA-binding protein MFP1 regulates nucleoid organization and stress-responsive gene expression in Arabidopsis plastids. Mitochondria and Chloroplasts, Gordon Research Conference (poster)
野戸康生，小林康一，川島祐介，石川将己，藤井祥（2024）「ホスファチジルグリセロールは葉緑体の遺伝子発現制御にどのように関与するのか」第65回日本植物生理学会年会（口頭）
S Fujii (2024) Plastid lipid biosynthesis facilitates light-responsive gene expression and chlorophyll biosynthesis during chloroplast biogenesis. 第65回日本植物生理学会年会（口頭・シンポジウム招待講演）
野戸康生，川島祐介，石川将己，Miguel Palomar，Andrzej Wierzbicki，西村芳樹，藤井祥（2023）「葉緑体DNA結合タンパク質MFP1は遺伝子発現の制御タンパク質を膜上に集積する」東北植物学会第13回大会（ポスター） 【優秀ポスター賞 受賞】
黒滝悠志，藤井祥（2023）「色素体の遺伝子発現制御におけるファージ型RNAポリメラーゼ結合タンパク質NIPの役割」東北植物学会第13回大会（ポスター）
藤井祥，野戸康生，黒滝悠志，小林康一，永田典子，中村友輝，増田建，和田元（2023）「葉緑体分化過程における光依存的な遺伝子発現とクロロフィル合成にはチラコイド膜脂質の合成が不可欠である」東北植物学会第13回大会（口頭）
Akiko Yoshihara, Keiko Kobayashi, Noriko Nagata, Hajime Wada, Sho Fujii, Koichi Kobayashi (2023) Plastid anionic lipids PG and SQDG are important for etioplast development and de-etiolation of Arabidopsis thaliana. 9th Asian-Oceanian Symposium on Plant Lipids (poster)
S Fujii, H Wada, K Kobayashi (2023) Galactolipid biosynthesis involves in GUN1-mediated regulation of photosynthesis-associated genes. 15th International Conference on Tetrapyrrole Photoreceptors in Photosynthetic Organisms (poster)
Akiko Yoshihara, Keiko Kobayashi, Noriko Nagata, Hajime Wada, Sho Fujii, Koichi Kobayashi (2023) Roles of plastid phospholipid PG and sulfolipid SQDG in etioplast development and de-etiolation of Arabidopsis thaliana. 15th International Conference on Tetrapyrrole Photoreceptors in Photosynthetic Organisms (poster)
藤井祥，中村友輝，和田元，小林康一（2023）「膜脂質合成が引き起こす色素体の遺伝子発現変動」日本植物学会第87回大会（口頭）
野戸康生，川島祐介，石川将己，西村芳樹，藤井祥（2023）「葉緑体DNA結合タンパク質MFP1を中心とした核様体の膜アンカーポイント構造の解明」日本植物学会第87回大会（口頭）
黒滝悠志、藤井祥（2023）「色素体RNAポリメラーゼに結合するチラコイド膜局在タンパク質NIPが遺伝子発現に与える影響」日本植物学会第87回大会（ポスター）
藤井祥，野戸康生，黒滝悠志，和田元，小林康一（2023）「色素体における膜脂質合成と遺伝子発現の協調的制御」第35回植物脂質シンポジウム（ポスター）
K Noto et al. (2023) Exploratory research on interacting factors of MFP1, a DNA-binding protein in the thylakoid membrane. 第64回日本植物生理学会年会（ポスター）
S Fujii et al. (2023) Galactolipids contribute to balancing two differential structures of etioplast membranes. 第64回日本植物生理学会年会（口頭）
野戸康生，藤井祥（2022）「葉緑体DNA結合タンパク質MFP1とチラコイド膜の相互作用の解析」東北植物学会第12回大会（ポスター）
藤井祥，辻本侑生（2022）「八戸伝統野菜『糠塚きゅうり』の色変化メカニズム」東北植物学会第12回大会（ポスター）
受賞・その他
黒滝悠志 質問賞（学術変革領域(A)「細胞質ゲノム制御」2025年度領域会議・第１回若手の会） 学部ウェブサイトでの掲載
卒業研究・修士研究論文等
2024年度 卒業研究
池田栞梨 「八戸伝統野菜「糠塚きゅうり」の色変化を司る分子生物学的メカニズム」【優秀賞 受賞】
新井田悟 「葉緑体脂質合成の誘導系を用いた光合成遺伝子の発現制御メカニズムの解明」
萩原侑輝 「葉緑体分化時における色素体RNAポリメラーゼ複合体の挙動を探究する」
丸岡龍平 「根端のアミロプラスト発達に関わる遺伝子発現を評価する」
2023年度 卒業研究
黒滝悠志 「葉緑体におけるファージ型RNAポリメラーゼの転写調節因子の探索」
野戸康生 「葉緑体核様体におけるDNA結合タンパク質MFP1の分子機能」【優秀賞 受賞】
* Corresponding author
# Co-first authors