Смелость и героизм проявили днепровцы, громя фашистов на территории Польши и Германии, особенно при штурме Берлина.
Для развития успеха наших войск в Берлинской операции возникла необходимость переброски армейского десанта через реку Шпрее. Выполнение этой задачи было поручено отряду полуглиссеров Днепровской флотилии, под командованием лейтенанта М.М.Калинина. Условия для десантирования были очень сложными, ширина реки достигала 300 метров, берег был сильно укреплён противником. Попытка армейских понтонёров навести переправу не удалась. И тогда обратились к днепровцам. К морякам прибыли командир корпуса генерал-лейтенант И.П.Рослый и командир дивизии генерал-майор В.С.Антонов. «Дерево, никакой защиты», усомнился Рослый, оглядывая утлые судёнышки. «Расстреляют вас немцы, надо ли рисковать?» От моряков ответил Калинин: «Для нас это не впервой». Конечно, это были невзрачные фанерные судёнышки, Вся их «боевая начинка» состояла из моторчика в 52 л.с. от фронтовой полуторки, пулемёта «Максим» и экипажа из 2 человек. Но их вклад в успех Берлинской операции был немалым.
Всего с 23 по 25 апреля 1945 года отряд полуглиссеров и буксируемые им понтоны переправили 16 000 бойцов, 100 орудий и миномётов, 27 танков, около 700 повозок с боеприпасами и другими грузами, чем обеспечили частям 5-й ударной армии вторжение в центр Берлина. Кроме того, моряки вели разведку приречных кварталов, поддерживали связь между дивизиями и полками. Оружием моряков была их воля к победе, броней служило мужество и бесстрашие, а их стойкость и героизм стали примером для армейцев.
В боевом отзыве командир 9-го стрелкового корпуса генерал-лейтенант И.П.Рослый отмечал, что героизм и храбрость команды полуглиссеров, безусловно, сыграли решающую роль в форсировании реки Шпрее, чем обеспечили дальнейшее выполнение задачи корпуса. 3 суток совершались «огненные рейсы» через Шпрее. Полуглиссер, возглавляемый старшиной М.Сотниковым и старшим краснофлотцем Н.Барановым, совершил 10 смелых рейсов, на 11-м они погибли. К концу операции в строю осталось 16 днепровцев – половина первоначального состава отряда.
Показателен и такой малоизвестный эпизод тех дней. После окончания боевых действий в мае 1945 года маршал Г.К.Жуков подводил итоги Берлинской операции с командирами корпусов и армий. На совещание он пригласил и днепровцев. Очередь дошла до выступления генерала И.П.Рослого. Он поднялся на трибуну и обратился к Г.К.Жукову: «Разрешите мне прежде, чем начать своё выступление, низко поклониться нашим славным военным морякам. Без их решающей роли я не смог бы в срок выполнить Ваш приказ, товарищ Маршал Советского Союза, в форсировании Шпрее», и он поклонился в сторону сидевших в зале моряков. Моряки встали и поклонились в ответ.
Все днепровцы были награждены орденами и медалями, 9-м из них (М.Калинину, Г.Казакову, А.Пашкову, Г.Дудникову, М.Сотникову, А.Самофалову, Н.Филиппову, Н.Баранову, В.Черинову) было присвоено звание Героя Советского Союза (семерым посмертно). Каждый третий днепровец, участвовавший в штурме Берлина, стал Героем Советского Союза. Краснознамённая Днепровская флотилия была награждена орденом Ушакова 1 степени.
24 июня 1945 года в Москве состоялся Парад Победы. В составе сводного морского полка вместе с балтийцами, североморцами, черноморцами и дунайцами шёл взвод днепровцев из 34 матросов и старшин во главе с капитаном 3 ранга К.В.Максименко.
В апреле 1947 года флотилия своим ходом вернулась из Германии в главную базу город Пинск. Спустя некоторое время она была значительно сокращена. На оставшихся кораблях и в подразделениях проходила боевая учёба, отрабатывались курсовые задачи, выполнялись стрельбы, проводились учения.
15 июня 1951 года решением ГК ВМФ Днепровская флотилия была расформирована, а на её базе был создан 1-ый Учебный отряд Военно-Морского Флота, в котором с 1951 по 1993 год было подготовлено около 150 тысяч высококвалифицированных флотских специалистов.