札幌医科大学準硬式野球部は、1953年(昭和28年)に今はなき西講堂南の石炭置き場でキャッチボールをしていた仲間が集まり創部された、歴史と伝統がある部活です。さらにこの年は現在の北海道地区大学準硬式野球連盟が発足し、連盟に初めて加入した野球部の一つでもあります。

創部3年目には北海道地区大会(以下、地区大会)で初優勝し、全国大会に出場しました。その後創部7年目の1959年(昭和34年)に第2回東日本医科科学生総合体育大会(以下、東医体)に初出場すると、1961年(昭和36年)は3位、1962年(昭和37年)・1963年(昭和38年)・1968年(昭和43年)には準優勝するなど着実に実力をつけていきました。

1970年(昭和45年)に念願のホームグラウンドが新琴似に完成し、1973年(昭和48年)には地区大会で優勝、1975年(昭和50年)には東医体で準優勝を果たしました。しかし、東医体優勝への道のりは険しく、新たな大会である北海道のリーグ戦でも3部リーグに降格するなど厳しい時代が続きました。

平成に入り、1991年(平成3年)に2部リーグで優勝し、1部リーグに昇格しました。勢いそのままに翌年1992年(平成4年)には1部リーグで初優勝を果たし、さらに東医体でも悲願の初優勝を果たし、黄金世代を築きあげました。

1994年(平成6年)には2部リーグに降格してしまいますが、1996年(平成8年)と2002年(平成14年)には地区大会で優勝を果たし、また2003年(平成15年)には東医体で11年ぶり2回目の優勝を果たしました。

2004年(平成16年)には創部以来初となる保健医療学部のプレーヤが入部し、札医準硬の転換期となりました。2004年(平成16年)・2007年(平成19年)・2009年(平成21年)には地区大会優勝、2009年(平成21年)には東医体で6年ぶり3回目の優勝を果たしました。

2010年(平成22年)には1部リーグに昇格し、2015年(平成27年)には1部リーグ優勝、2016年(平成28年)には全日本大会でベスト8を果たすなど、2011年(平成23年)から2018年(平成30年)の間に5度の全国大会出場を果たしました。東医体でも2017年(平成29年)に準優勝を果たしました。

令和に入り、2019年(令和元年)に1部リーグ優勝を果たし、全日本大会に出場しますが、2020年(令和2年)からの新型コロナウイルス流行により、2年間の大会中止を余儀なくされました。2023年(令和5年)には2部リーグに降格しましたが、2025年(令和7年)には2部リーグで優勝、入れ替え戦での勝利によって再び1部リーグに昇格しました。