Samploc
Samploc is software which objectively provides appropriate sampling locations when sampling known wild species in studies of revising taxonomy and conservation biology. Based on the coordinates of the candidates of sampling locations and the number of locations you can visit, this software calculates the sampling locations that are expected to have the genetically most diverse samples.
Samplocは分類学や保全学における既知種のサンプリングにおいて、サンプリング地点を客観的に決定するためのソフトウェアです。採取候補地点の緯度経度と採取したい地点数を入力することで、遺伝的に最も多様と期待されるサンプリング地点を計算します。
Example: When candidates of sampling locations are given as the green points on the above left map and you want to visit 20 locations among them, Samploc calculates the best 20 points shown in the orange points on the above right map.
使用例：上左図の緑色のサンプリング候補地点が与えられているとき、この中から20地点を訪れたいとするとSamplocは上右図のオレンジ色の点群ような地点群を与えます。
Theory
Samploc is based on the assumption of isolation-by-distance which means that geographically farther individuals of the same species are genetically further. Please refer to the article below for the details.
Samplocは「同種の生物は地理的に離れているほど遺伝的にも離れている」という仮定(isolation-by-distance)に基づいています。詳細は下記の論文をご覧ください。
Download
This software is made for Windows 7 or later, MacOS and Linux. The operation was verified on Windows7, Windows10 and Ubuntu 18.04. Note that using Samploc in MacOS and Linux requires installation of WINE, Winetricks and .Net library.
Please download the file from the below storage. Installation is unnecessary, and uninstall of Samploc completes only by deleting the files.
本ソフトウェアはWindows 7以降およびMac OS/Linuxに対応しています。動作はWindows 7, Windows 10, Ubuntu 18.04で確認済みです。ただし、SamplocをMac OS/Linuxで使うには別途WINE, Winetricks, .Net libraryのインストールが必要です。
以下のドライブからダウンロードしてください。インストールは不要で、アンインストールの際もファイルを消すだけで大丈夫です。
Version history
ver. 1.3.0 (2021-10-19)
Locations with the same coordinate among input candidates are now automatically omitted.
入力した候補の中の座標が重複した地点を自動的に計算から省くように変更。
ver. 1.2.0 (2021-05-04)
Added a function to check, set and export the seed of the pseudo random number.
乱数のシード値を確認し、設定し、出力する機能を追加。
ver. 1.1.0 (2020-12-10)
Now Samploc can be used in MacOS and Linux (using WINE). This enables calculation of distances on ellipsoids of revolution in MaxOS/Linux. Samploc4WINE previously made for MacOS/Linux is no longer supported.
SamplocをMacOSやLinuxでも使えるように改変。これによりWindows以外でも回転楕円体上の距離計算が行えるようになりました。これまでMacOS/Linux用に作成していたSamploc4WINEは以後更新されません。
Fixed a bug which can stop the calculation when a necessary location is included in the candidates.
候補地点に必須地点を含む際に計算が完了しないことがあるバグを修正。
ver. 1.0.2 (2020-07-09)
Fixed a bug which treats unreadable locations like headlines as (0,0) when checking duplicated locations.
見出しなどの読み込めなかった地点を(0,0)と同一視して重複地点として扱ってしまう問題を修正。
ver. 1.0.1 (2020-05-12)
Drawn graphs are now no longer deleted after finishing calculation.
計算後に出力したグラフを消さないよう変更。
ver. 1.0.0 (2020-04-28)
First publication.
初公開。
Citation
Aoki S. & Ito M. (2020) Where wild species be sampled? New method based on isolation-by-distance objectively gives the answer. Molecular Ecology Resources 20(5): 1299-1310.
本ソフトウェアの初版(ver.1.0.0)とソースコードは上記論文のオンラインデータとして以下のOpen Science Frameworkレポジトリからダウンロードできます。
The first version of this software (ver. 1.0.0) and its source codes can be downloaded from the below link to the Open Science Framework repository as online data of the above article: