査読論文/Reviewed articles

9. Aoki S., Fukasawa K. (2024) Kernel density estimation of allele frequency including undetected alleles. PeerJ 12:e17248. doi.org/10.7717/peerj.17248

カーネル密度推定を利用して生物個体のサンプルから未観測のアリルの頻度の推定を試みた論文です。結果として、母集団に比べてサンプルサイズがごく小さいときの頻度推定にしかカーネル密度推定は有益に働きませんでした。

8. Matsuba M., Fukasawa K., Aoki S., Akasaka M., Ishihama F. (2024) Scalable phylogenetic Gaussian process models improve the detectability of environmental signals on local extinctions for many Red List species. Methods in Ecology and Evolution 15(4): 756-768. doi.org/10.1111/2041-210X.14291

系統情報を利用して日本の絶滅危惧植物の減少要因の予測を改善した論文です。私は系統樹の扱いなどを手伝いました。

7. Aoki S., Ishihama F., Fukasawa K. (2023) Robustness of genetic diversity measures under spatial sampling and a new frequency-independent measure. PeerJ 11:e16027. doi.org/10.7717/peerj.16027

遺伝的多様性指標が空間抽出下で正確に推定できるかシミュレーションで検証した論文です。また、新しい遺伝的指標も開発しました。この指標は塩基多様度に似ていますが、頻度の少ないアリルを重視していて保全向きです。結果的に塩基多様度・期待ヘテロ接合度・新指標は正確に推定されましたが、Watterson's thetaは過大推定となりました。

6. Aoki S., Li P., Matsuo A., Suyama Y. & Ito M. (2023) Molecular phylogeny and taxonomy of the genus Nanocnide (Urticaceae) with particular attention to the Ryukyu Islands endemic N. lobata. Phytotaxa 607(1): 23-40. doi.org/10.11646/phytotaxa.607.1.3

イラクサ科カテンソウ属の系統解析・分類論文です。シマカテンソウNanocnide lobataが国内絶滅危惧種のトウカテンソウN. pilosaとは別種であり、かつ前者が南西諸島固有であること等を示しました。

5. Aoki S. & Ito M. (2020) Where wild species be sampled? New method based on isolation-by-distance objectively gives the answer. Molecular Ecology Resources 20(5): 1299-1310. doi.org/10.1111/1755-0998.13179

従来主観的・経験的に行われていた既知種の分類再検討や多様度の推定を行う際のサンプリングの方法を客観的に定義しました。サンプリング用のソフトウェアが論文データのレポジトリ(https://osf.io/q5mf2/)からダウンロードできます。

4. Aoki S. (2020) Effect sizes of the differences between means without assuming the variance equality and between a mean and a constant. Heliyon 6(1): e03306. doi.org/10.1016/j.heliyon.2020.e03306

Cohen's dに代表される差の効果量に関して、Welchのt検定統計量をベースとした等分散性を仮定しない差の効果量を新たに定義するとともに、１群の平均と１定数との差の効果量の不偏推定量を示しました。

3. Aoki S., Ohi-Toma T. & Murata J. (2019) Taxonomic revision of Oxalis Subsect. Oxalis (Oxalidaceae). Acta Phytotaxonomica et Geobotanica 70(3): 159–172. doi.org/10.18942/apg.201906

下記２論文の結果を分類に反映させた論文です。国内に関しては新種ミヤマカタバミO. nipponica subsp. nipponicaと新変種ナンカイミヤマカタバミO. nipponica subsp. kantoensis var. alpigenaを記載しました。

2. Aoki S., Ohi-Toma T. & Murata J. (2018) Addition to Aoki et al. (2017): phylogenetic position of Oxalis trilliifolia in subsection Oxalis (Oxalidaceae). Phytotaxa 356(3): 238–240. doi.org/10.11646/phytotaxa.356.3.6 

下の論文の追加として北米産種(Oxalis trilliifolia)の系統解析を行った短報です。これによりOxalis亜節すべての系統関係が明らかになりました。

1. Aoki S., Ohi-Toma T., Li P., Fu C.-X. & Murata J. (2017) Phylogenetic, cytologial and morphological comparisons of Oxalis subsect. Oxalis (Oxalidaceae) in East Asia. Phytotaxa 324(3): 266–278. doi.org/10.11646/phytotaxa.324.3.3 

コミヤマカタバミ(Oxalis acetosella)の近縁種群を分子系統・ゲノムサイズ・形態によって比較した論文です。

プレプリント/Preprints

1. Aoki S., Ito M. & Shimada M. (2019) Effect sizes of the differences between means without assuming the variance equality and between a mean and a constant. arXiv:1901.09581. doi.org/10.48550/arXiv.1901.09581

査読論文4のプレプリントです。

ソフトウェア等/Products

2. Samploc. (2020-) https://sites.google.com/view/s-aoki/software/samploc

査読論文5で開発した、既存種のサンプリング地点を客観的に決定するためのソフトウェアです。

1. R package "es.dif".  (2019-) https://cran.r-project.org/web/packages/es.dif/index.html

査読論文4で開発した、差の効果量とその分散、信頼区間を計算できるRパッケージです。1群と定数間、等分散性を仮定した2群間、等分散性を仮定しない2群間の3種類の差の効果量に対応しています。