梶田 真司 (Masashi K. KAJITA)
福井大学 学術研究院 工学系部門 工学系領域 生物応用化学講座 講師
生物プロセス工学研究室 梶田グループ
兼任
福井大学 ライフサイエンスイノベーションセンター, 繊維・マテリアル研究センター
東京大学 生産技術研究所 協力研究員, 国際高等研究所 ニューロインテリジェンス国際研究機構 (IRCN) 協力研究員, Beyond AI 研究推進機構 協力研究員
Research Fields
理論免疫学、生物物理学、数理生物学、定量生物学、システム生物学、データ駆動型数理モデリング、臨床データ解析
Research Interests
情報処理システムとしての免疫現象・分子識別現象の理解
細胞などの生命システムは高度な情報処理を行っています。例えば、免疫細胞の1種であるT細胞は類似する自己と非自己由来の分子を高精度に識別します。私は数理モデルを用いてこれらの生命システムを記述し、高度な情報処理を可能にしている数理的メカニズムを明らかにする研究を行っています。さらにその数理的メカニズムが化学反応系などの分子システムとしてどのように物理的に実装されているのかを明らかにすることで、理論研究を実験系生命科学へフィードバックすることを目指しています。現在の研究テーマは以下の通りです。
免疫細胞による自己・非自己識別現象の数理的メカニズムとそれを実現する反応ネットワーク
細胞による情報処理の数理的メカニズム。特に、細胞による類似分子種の識別メカニズム
定量生物学、データ駆動型数理モデリング
近年、生命科学の分野では1細胞イメージングや次世代シーケンサーに代表される技術革新により、多彩な定量データが計測可能になってきました。これらの定量データと、理論生物学が培ってきた生命現象の数理モデルを融合させることで、計測データに駆動された生命現象の数理モデルを構築します。生命現象を予測可能なモデルを構築することなどにより、基礎生物学や医学分野への貢献を目指します。
Publications
論文
Active thermodynamic force driven mitochondrial alignment,
Masashi K. Kajita, Yoshiyuki Konishi, Tetsuhiro S. Hatakeyama*,
Physical Review Research, 6, L022024, 2024. https://doi.org/10.1103/PhysRevResearch.6.L022024.Early dynamics of chronic myeloid leukemia on nilotinib predicts deep molecular response,
Yuji Okamoto, Mitsuhito Hirano, Kai Morino, Masashi K. Kajita*, Shinji Nakaoka, Mayuko Tsuda, Kei-ji Sugimoto, Shigehisa Tamaki, Junichi Hisatake, Hisayuki Yokoyama, Tadahiko Igarashi, Atsushi Shinagawa, Takeaki Sugawara, Satoru Hara, Kazuhisa Fujikawa, Seiichi Shimizu, Toshiaki Yujiri, Hisashi Wakita, Kaichi Nishiwaki, Arinobu Tojo, Kazuyuki Aihara*.
npj Systems Biology and Applications, 8, 39, 2022. https://doi.org/10.1038/s41540-022-00248-3 (Open Access)プレスリリース ：数理モデルを用いた白血病治療薬の効果の患者別早期予測手法の提案
Time-series clustering of single-cell trajectories in collective cell migration,
Xin Zhuohan†, Masashi K. Kajita†, Keiko Deguchi, Shin-ichiro Suye, and Satoshi Fujita.
Cancers, 14 (19), 4587, 2022. https://doi.org/10.3390/cancers14194587 (Open Access, †: equally contribution)Intermitochondrial signaling regulates the uniform distribution of stationary mitochondria in axons,
Nozomu Matsumoto, Ikuma Hori, Masashi K. Kajita, Tomoya Murase, Wataru Nakamura, Takahiro Tsuji, Seiji Miyake, Masaru Inatani, Yoshiyuki Konishi,
Molecular and Cellular Neuroscience, 119, 103704, 2022. https://doi.org/10.1016/j.mcn.2022.103704 (50 days' free access).An error correction mechanism for reliable chemical communication systems,
Masashi K. KAJITA*,
The journal of Robotics, Networking and Artificial Life, 7 (1), 2020. https://doi.org/10.2991/jrnal.k.200512.011 (Open Access)Reliable target ligand detection by noise-induced receptor cluster formation,
Masashi K. Kajita*, Kazuyuki Aihara, Tetsuya J. Kobayashi,
Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science, 30 (1), 011104, 2020. https://doi.org/10.1063/1.5140714 (PDF)Balancing specificity, sensitivity, and speed of ligand discrimination by zero-order ultraspecificity,
Masashi K. Kajita*, Kazuyuki Aihara, Tetsuya J. Kobayashi,
Physical Review E, 96(1), 4065–14, 2017. http://doi.org/10.1103/PhysRevE.96.012405 (arXiv, PDF)Experimental and theoretical bases for mechanisms of antigen discrimination by T cells,
Masashi K. Kajita*, Ryo Yokota, Kazuyuki Aihara, Tetsuya J. Kobayashi,
BIOPHYSICS, 11, 85-92, 2015. http://doi.org/10.2142/biophysics.11.85
Misc.
Quantitative biology of ligand discrimination by immune T cells,
Masashi K. KAJITA*,
SEISAN KENKYU, 71(2), 125-132, 2019. https://doi.org/10.11188/seisankenkyu.71.125 (Japanese)
受賞
第15回東京大学生命科学シンポジウム2015, 優秀ポスター賞 (2015年6月27日)
所属学会
日本生物物理学会
日本数理生物学会
Education
東京大学 大学院情報理工学系研究科 数理情報学専攻 修了(博士) (2017年3月)
東京工業大学 大学院生命理工学研究科 生命情報専攻 修了(修士) (2012年3月)
東京工業大学 生命理工学部 卒 (2010年3月)
経歴
福井大学 学術研究院 生物応用化学講座 講師 (2024年4月~現在)
東京大学 Beyond AI 研究推進機構 協力研究員 (兼任、2021年12月~現在)
東京大学 国際高等研究所 ニューロインテリジェンス国際研究機構 (IRCN) 協力研究員 (兼任、2021年4月~現在)
福井大学 繊維・マテリアル研究センター 兼任教員 (兼任、2020年7月~現在)
東京大学 生産技術研究所 協力研究員 (兼任、2020年4月~現在)
福井大学 ライフサイエンスイノベーションセンター 兼任教員 (兼任、2020年3月~)
福井大学 学術研究院 生物応用化学講座 助教 (2020年3月~2024年3月)
東京大学 生産技術研究所 情報・エレクトロニクス系部門 助教 (合原一幸研究室、2017年10月~2020年2月)
東京大学 生産技術研究所 情報・エレクトロニクス系部門 特任研究員 (小林徹也研究室、2017年4月~2017年9月)
日本学術振興会 特別研究員 DC2 (2014年4月~2016年3月)
東京大学 生産技術研究所 技術補佐員 (小林徹也研究室、2012年4月~2013年3月)
公益財団法人 吉田育英会 マスター21奨学生 (2010年4月~2012年3月)
研究資金
日本学術振興会 若手研究 「転写酵素の遺伝子間動態に基づく細胞分化モデルの構築と実データによる検証」(研究代表者、2021年~)
日本学術振興会 基盤研究 (S) 「生命病態システムの数理モデリングとその個別化医療への応用のための数理的基盤の確立」(研究分担者、2019年~2020年)
日本学術振興会 若手研究 「統計的情報処理としての細胞の分子識別と、免疫学的自己/非自己識別制御への応用」(研究代表者、2018年~2022年)
日本学術振興会 特別研究員DC2「免疫細胞による自己・非自己識別機構の数理・情報論的解明」(研究代表者、2014年~2016年)
研究歴
アクティブマター、パターン形成（2020~）
遺伝子発現量データなどの多変量解析（2020~）
生物画像解析（2020~）
臨床データ解析 (2018~)
免疫細胞による自己・非自己識別機構の数理理論 (2013~)
細胞内化学反応系の確率シミュレーション、バイオイメージング (2009~2012)