Terwujudnya Pusat Riset unggulan di bidang mikrobiologi terapan guna mewujudkan visi dan misi Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) yaitu sebagai lembaga riset yang andal, profesional, inovatif dan integratif dalam melakukan pelayanan kepada setiap stakeholders terkait. 

1. Melakukan peningkatan kapasitas kompetensi SDM periset.

2. Melakukan penelitian, pengembangan, pengkajian dan penerapan di bidang mikrobiologi terapan untuk menghasilkan output publikasi internasional, paten, dan produk berbasis mikroba.

3. Meningkatkan perolehan dana eksternal (dalam dan luar negeri).

4. Mengembangkan dan meningkatkan kerjasama dengan industri.