Tugas dan Fungsi Pusat Riset Mikrobiologi Terapan tercantum pada pasal 16 dan pasal 17 Peraturan BRIN Nomor 9 Tahun 2022 tentang Tusi dan Organisasi OR Hayati dan Lingkungan.

Pasal 16 menyatakan bahwa Pusat Riset Mikrobiologi Terapan yang merupakan salah satu Pusat Riset dari delapan Pusat Riset dalam susunan Organisasi OR Hayati dan Lingkungan mempunyai tugas melaksanakan tugas teknis penelitian, pengembangan, pengkajian, dan penerapan, serta invensi dan inovasi di bidang mikrobiologi terapan. 

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 16, Pusat Riset Mikrobiologi Terapan menyelenggarakan fungsi sebagai berikut seperti yang tercantum pada pasal 17: