Несмотря на ранение, полученное в годы Гражданской войны, и инвалидность, а также приближающийся возраст, Семён Сергеевич не остался в стороне в годы Великой Отечественной войны. Когда фашисты оккупировали территорию и начали преследовать коммунистов, его авторитет среди односельчан был настолько велик, что никто не посмел выдать его врагу.
Сам Семён Сергеевич, прошедший суровые испытания войны, не собирался сдаваться. Он спрятал свой партбилет и начал активно помогать подпольной организации. В 1942 году он и Марфа Дорожкина, жена его двоюродного брата Ивана Константиновича Дорожкина, присоединились к подпольной группе Михаила Евдокимова. Марфа Дорожкина была связной между партизанами и подпольщиками Ольгово. К сожалению, нашлись предатели, которые выдали их фашистам. Семён Сергеевич и Марфа оказались в концлагере «Пятый полк», а затем были переведены в лагерь «Двенадцатитысячников». Их освобождение произошло 3 июня 1944 года в результате смелой боевой операции разведгруппы под командованием лейтенанта Михаила Маскаева.
Из воспоминаний правнучки Натальи Кузьминой: «Мой прадедушка, Семён Сергеевич, оставил в нашей семье след как человек с сильными принципами. Он был коммунистом, и его гражданская позиция проявилась особенно ярко во время оккупации, когда он был частью подполья. Но послевоенные годы принесли ему не только облегчение, но и тяжелое испытание. Он потерял свой партбилет, который сам же спрятал в начале войны. Эта потеря, как рассказывали, стала для него настоящим ударом. Он так и не смог смириться с этим, впал в уныние, заболел и ушел из жизни 29 декабря 1946 года, на 65-м году жизни. Это очень печальная история, которая показывает, как важны для человека его убеждения и символы, связанные с ними».