Markas PMI adalah perangkat dan sarana organisasi yang berfungsi untuk melaksanakan tugas-tugas pelayanan kepalangmerahan baik secara teknis administratif maupun teknis operasional. Markas PMI di tingkat Pusar disebut Markas Pusat, yang berkedudukan di Ibukota Negara. Markas PMI di tingkat Provinsi disebut Markas Daerah yang berkedudukan di Ibukota Provinsi. Markas PMI di tingkat Kabupaten/Kota disebut Markas Cabang yang berkedudukan di Kota/Ibukota Kabupaten.
Kedudukan Markas PMI yaitu sebagai alat kelengkapan organisasi yang tidak terpisahkan dari Organisasi PMI pada masing-masing tingkatan. Hubungan antara Pengurus dengan Markas adalah bersifat komando, karena Markas adalah institusi pelaksana berdasarkan arahan kebijakan Pengurus PMI. Sedangkan hubungan antar Markas Pusat, Markas Daerah, dan Markas Cabang bersifat pembinaan dan koordinatif untuk meningkatkan kualitas kegiatan dan memperlancar upaya pencapaian tujuan organisasi.
Tugas pokok Markas adalah sebagai pelaksana kebijakan Organisasi sehari-hari yang berdasarkan Pokok-pokok Kebijakan dan Rencana Strategi Organisasi serta kebijakan Pengurus PMI. Pelaksanaan kebijakan tersebut dilakukan sesuai dengan fungsi manajemen yang terdiri dari perencanaan, pelaksanaan, pengorganisasian, pengawasan, penilaian, dan pelaporan yang meliputi aspek sebagai berikut:
Aspek Administrasi, meliputi:
Ketatausahaan
Keuangan
Logistik
Kepegawaian
Pendokumentasian dan kearsipan
Aspek Teknis Operasional, meliputi:
Pembinaan dan Pengembangan organisasi PMI
Manajemen PMR dan Relawan
Pelayanan Penanganan Bencana
Pelayanan Sosial dan Kesehatan Masyarakat
Penyebarluasan dan pengembangan aplikasi Prinsip-prinsip Dasar Gerakan Palang
Merah dan Bulan Sabit Merah Internasional serta HPI (Hukum Perikemanusiaan Internasional)
Penggalangan Sumber Daya
Pendidikan dan Latihan Kepalangmerahan
Bagi Lembaga PMI yang memiliki Unit Pelaksana Teknis, maka tugas pokok dan fungsi Markas, meliputi koordinasi dengan masing-masing Unit, antara lain:
Unit Transfusi Darah (UTD)
Rumah Sakit PMI
Poliklinik
Lembaga Pendidikan Formal
Unit Usaha PMI
Dll
Aspek-aspek tersebut menunjukkan bahwa keberadaan Markas bagi Organisasi PMI pada tingkatnya mutlak diperlukan agar terlaksananya tugas PMI sebagai organisasi yang menjalankan misi kepalangmerahan di Indonesia.