Nació en la ciudad de 9 de Julio, Pcia. de Buenos Aires el 3 de diciembre de 1920. Fue el hijo número veintidós de Giuseppe Pironio y Enrica Rosa Buttazzoni, emigrados a la Argentina ya como matrimonio desde la región de Friuli, Italia, en 1898. Eduardo, solía comentar que su vida era un milagro concedido a su madre por la Virgen de Luján, por quien él sentía una filial devoción.

Al crecer, la devoción en Jesús y María cimentadas en su familia y su parroquia se fue fortaleciendo. De esta manera, a sus 11 años el joven Eduardo Pironio tomó la decisión de ingresar al Seminario San José de La Plata. 

Culminado el tiempo de formación, fue ordenado presbítero el 5 de diciembre de 1943 en la Basílica de Nuestra Señora de Luján. Comenzó así su ministerio sacerdotal como profesor de Literatura, Latín, Filosofía y Teología sucesivamente en el Seminario Pío XII de Mercedes, donde acompañó la formación de futuros presbíteros durante 15 años.