X線結晶構造解析のメモ

coot-1
https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/personal/pemsley/coot/
https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/personal/pemsley/coot/web/tutorial/tutorial.html

旧バージョンのCootから新しいCoot-1を使い始めるメモ（物理化学の授業とは関係ない）

マウスの右クリックで分子を回転させたい。
Edit→Preferences→Mouse button for View Rotation→Left(Primary)

Macbookに接続した拡張モニターで分子の回転中心がおかしい
Draw→View→Scale Down Graphics（Macbookでおかしい場合は、Scale Up Graphics）

手前の残基が邪魔
View→Scene Presets→Model-Building mode

メイン画面のGo to Atomアイコンから開かない
Draw→Molecule→Go to Atom

おかしいところを知りたい
Validation→Validation Outliers

mapの表示範囲を変えたい
Edit→Preferences→Maps→Map Parameters→Map Radius
Mapsが選ばれているのにMap Parametersなどのタブが無い場合はGeneralとか他を選んで、再度Mapsを選ぶ

Servalcat
https://servalcat.readthedocs.io/en/latest/
/https://research.kek.jp/group/pxpfug/katsudo/20251108/20251108_01-1.pdf
https://research.kek.jp/group/pxpfug/katsudo/20251108/20251108_01-2.pdf

X線結晶構造解析でServalcatを使うメモ

リガンド込みで

servalcat \

refine_xtal_norefmac \

  --model ../001/servalcat-coot-2.pdb \

  --hklin ../001/servalcat.mtz \

  --ligand ../../UNK.cif \

  -d 1.9 \

  -s xray \

  -o servalcat