Tanggal 25 Februari 1944 merupakan permulaan meletusnya perlawanan rakyat Singaparna yang dipimpin oleh KH. Zainal Mustofa. Terlebih dahulu, iaia mempersiapkan para santrinya untuk siap sedia melakukan perang. Salah satunya adalah menyiapkan senjata seperti golok dan bambu runcing. Selain itu, ia juga menyuruh murid-muridnya untuk memberikan latian spiritual supaya lebih dekat dengan Allah.

Peristiwa pemberontakan dimulai dengan penculikan para petinggi Jepang yang berada di Tasikmalaya. Selanjutnya, ia dan pasukannya melakukan sabotase dengan memutuskan kawat-kawat pesawat telepon. Hal tersebut dilakukan supaya pasukan Jepang tidak dapat melakukan komunikasi dengan lancar. Tidak berhenti di situ saja, ia juga membebaskan para tahanan politik yang dipenjara oleh Jepang. Perbuatan tersebut tentu cepat diketahui oleh Jepang. Maka dari itu, pihaknya mengirimkan beberapa staf kecamatan Singaparna dan beberapa polisi untuk menangkap pasukan KH Zainal Mustofa.

Sayang sekali, usaha tersebut berakhir sia-sia. Pasukan kiriman Jepang itu pada akhirnya malah ditahan di kediaman sang kiai. Namun keesokan harinya pukul delapan pagi, mereka dilepaskan. Hanya saja, senjata mereka dirampas. Pihak Jepang tidak tinggal diam. Siang harinya, mereka mengirimkan empat opsir untuk membawa Kiai Haji Zainal Mustofa menghadap Jepang. Perintah itu tentu saja ditolak mentah-mentah oleh sang kiai. Hingga akhirnya, terjadilah keributan besar.

Keributan tersebut berakhir dengan tiga orang opsir tewas. Satu lainnya dibiarkan hidup untuk membawa ultimatum pada Jepang. Isinya adalah penuntutan supaya Jepang memberikan kemerdekaan Pulau Jawa mulai dari tanggal 25 Februari 1944.

Peperangan Terus Berlanjut, Kecaman dari pihak pejuang tersebut sepertinya tidak diindahkan oleh Jepang. Malah sekitar pukul empat sore, mereka mengirimkan beberapa truk pasukan untuk menyerbu kediaman Kiai Haji Zainal Mustofa. Menariknya, yang datang bukanlah tentara Jepang, melainkan pasukan pribumi yang pro Jepang. Sepertinya, Jepang mengadopsi taktik perang adu domba yang dijalankan oleh Belanda.

Karena menghadapi bangsa sendiri, sang kiai menyuruh para santrinya untuk tidak melawan balik sampai musuh mendekati zona aman. Mereka benar-benar tidak melakukan perlawanan sebelum musuh sangat dekat. Pria tersebut sepertinya salah perhitungan dan taktik yang diambilnya malah menjadi boomerang. Jumlah pasukan musuh rupanya lebih besar dan senjata yang dipakai lebih canggih. Akibatnya, musuh dengan mudahnya masuk ke pesantren dan menghancurkan segalanya. Korban pun akhirnya berjatuhan. Sebanyak kurang lebih 86 santri tewas dalam pertempuran. Santri-santri yang lain ada yang dijadikan tawanan dan disiksa hingga meninggal.