Zainal Mustafa lahir pada tanggal 1 Januari 1899 di Singaparna dengan nama Hudaemi. Ia merupakan anak laki-laki dari pasangan Nawapi dan Ratmah. Keluarganya berasal dari golongan petani yang berkecukupan. Menginjak usia sekolah, dirinya menuntut ilmu di sekolah rakyat. Ia juga diberi fasilitas untuk belajar agama mengingat keluarganya termasuk dalam lingkungan religius.
Setelah lulus dari sekolah rakyat, Hudaemi kecil melanjutkan pendidikannya ke sebuah pesantren yang terletak di Gunung Pari. Ia belajar di pesantren selama kurang lebih 17 tahun. Maka dari itu, tidak heran jika pengetahuan agamanya sangatlah luas.
Menggerakkan Rakyat untuk Melawan Penjajahan
Ketika masa pendudukan Belanda, pria tersebut juga rajin memberikan ceramah yang menggugah semangat rakyat untuk melakukan perlawanan. Bahkan sering kali, ia dipaksa turun mimbar oleh kiai lain yang pro Belanda karena tindakannya tersebut.
KH. Zainal Mustofa, KH. Ruhiat, dan beberapa ulama lain pernah ditangkap oleh Belanda pada tanggal 17 November 1941. Mereka dituduh melakukan penghasutan agar rakyat melawan Belanda. Mereka pun dipenjarakan ke penjara Sukamiskin yang ada di Bandung.
Masa hukuman mereka berlangsung selama beberapa bulan saja dan kemudian sempat dibebaskan. Namun, kembali ditangkap dan dimasukkan ke Penjara Ciamis. Ia baru dibebaskan ketika Belanda menyerah pada Jepang. Pada zaman penjajahan Jepang, KH Zainal Mustofa juga tetap menggerakkan rakyat untuk melakukan perlawanan. Hingga akhirnya, ia ditangkap dan dijatuhi hukuman mati pada tahun 1944. Kemudian baru pada tahun 1972, Pemerintah Republik Indonesia mengangkatnya sebagai Pahlawan Pergerakan Nasional.