A pecsétviaszgomba kemény termőtestű gombafaj, a kalap magassága 5 és 20 cm között változhat, amely egy – legtöbbször – oldalt fekvő tönkön ül. A gomba kalapja 1–3 cm vastag lehet, felszínét pedig sárgás, később vöröses (a vörösbarnától a vörösesfeketéig), sötétedő viaszréteg fedi. A gomba széle fehér, a hátoldalán fehéres, likacsos réteg helyezkedik el, minden egyes milliméteren 4– 5 pórussal. A tulajdonképpeni tönk (gyakran csak tönk alakú alap) fényes, a vörösesbarnától a bíboron át, majdnem feketébe áthajló színekben pompázhat.