Jan Otto se narodil 8. listopadu 1844 v Přibyslavi. V Praze se vyučil kupcem, načež v 21 letech získal zaměstnání v tiskárně u bratří Grégrů, kde prošel řadou profesí od manuálního pracovníka přes účetního a disponenta. Jakmile se v roce 1871 osamostatnil, všechny poznatky a zkušenosti zúročil v tiskárně na Václavském náměstí v Praze. Tu převzal po svém tchánovi J. H. Pospíšilovi, brzy ji rozšířil o nakladatelství a v roce 1874 zřídil rovněž knihkupectví, které vedl až do roku 1884.
Závod se postupně rozšiřoval, nejprve v roce 1879 do Jungmannovy třídy a o čtyři roky později do domu číslo 34 na Karlově náměstí. Otto začal podnikat ve velkém stylu. Svou velkoryse pojatou nakladatelskou činností, orientovanou především na českou tematiku, se jeho nakladatelství brzy vyšvihlo mezi přední domácí subjekty, které produkovaly největší díla umělecká i vědecká, kde vycházely oblíbené edice i časopisy. V roce 1899 prodal knihtiskárnu nové české grafické společnosti Unii, jejímž se současně stal členem a prvním předsedou, a ponechal si pouze nakladatelství v Praze. Zároveň zřídil jeho filiálku s knihkupectvím ve Vídni.
Otto byl bezesporu nejvýznamnějším nakladatelem své doby. Jeho produkce byla charakteristická svým širokým zaměřením, díky kterému dokázal oslovit nejširší lidové vrstvy, stejně jako učence a intelektuály. Rozsah jeho nakladatelské činnosti byl ohromný. Vydával edice, časopisy, almanachy, atlasy, cestopisy a průvodce, beletrii i poezii, kalendáře, odborné práce, seznamy a katalogy, slovníky, sebrané spisy, učebnice i umělecká a výpravná díla. Čechy patřily mezi pilíře jeho vydavatelství. Těmi dalšími byly časopis Zlatá Praha, kterým se chtěl poklonit Praze jako symbolu Čech, Ottův naučný slovník, největší česká všeobecná encyklopedie, dodnes u nás nepřekonaná, a Světová knihovna, vydávaná s cílem představit kulturní dary celého světa.
Jan Otto byl velmi činný také ve veřejném životě. Byl mimo jiné členem Sokola, Umělecké besedy nebo výboru pro stavbu Národního divadla. V roce 1912 byl jmenován císařským radou a doživotním členem panské sněmovny. Na rodném Přibyslavsku podporoval osvětové a vzdělávací organizace, mimo to pracoval deset let jako starosta grémia knihtiskařů i jako vedoucí Spolku českých knihkupců a nakladatelů. Poté co v květnu roku 1916 zemřel, bylo jeho tělo uloženo mezi další velikány na Slavínském hřbitově na Vyšehradě.