El humedal está en un predio privado destinado a la agricultura, la ganadería y la conservación; las prácticas agrícolas que se llevan dentro del predio son de carácter agroecológico como parte de un proceso de la Escuela Agroecológica Los Génaros.

Sin embargo, el humedal presenta afectaciones por el pisoteo de ganado en algunas zonas y la proliferación de especies como la Mata Andrea.

Al igual que otras microcuencas tributantes del río Otún, la del San Juan conserva especies de peces característicos de los andes centrales dado el aislamiento que genera una dificultad para la trucha arco iris.