Relacionado con los usos del suelo se han ido configurando factores de amenaza en las áreas de los humedales de los complejos, estos factores están relacionados con actividades de ganadería en un 41%, el drenaje de los humedales se da en un 3%, la implementación de vías se presencia en un 14%, la expansión urbana está presente en el 5%, la invasión de fauna doméstica se da en un 7%, los senderos turísticos no demarcados están presentes en un 12%, la disposición de residuos sólidos y escombros en un 2% cada uno y las áreas de humedal que no corresponden a ningún tipo de uso es del 12%, estos usos alteran sus características estructurales y funcionales, y por ende a los actores que influyen y se benefician de estos ecosistemas, además de las dinámicas naturales de la cuenca alta.

Por otro lado, los humedales de la cuenca alta del río Otún se encuentran altamente afectados por impactos producidos por la actividad humana, estos impactos son principalmente de fragmentación, disposición de residuos sólidos en el área de los humedales, la eliminación del sustrato, desecación, la presencia de especies amenazadas y vulnerables, proliferación de biota indeseada, invasión de animales domésticos, eliminación de la franja de protección y la presencia de vertimientos dispersos y puntuales. La figura indica el número humedales en los que se presenta cada impacto.