Mikołaj Kopernik odwiedzał Elbląg wiele razy. Najpierw jako sekretarz towarzyszył swojemu wujowi, biskupowi Łukaszowi Watzenrode, w zjazdach stanów pruskich.

W styczniu 1504 r. wraz z biskupem radził w ratuszu nad wysłaniem posłów do króla polskiego. W maju 1504 r. uczestniczył w hołdzie władz Elbląga składanym królowi, a także występował jako świadek ogłoszenia wyroku w sprawie rozwodowej. W zjazdach stanów Prus Królewskich brał udział wraz z biskupem na przełomie 1506 i 1507 r. oraz we wrześniu i październiku 1507 r.

Zostały także udokumentowane wizyty Kopernika w Elblągu w 1529 r. (dwie) i 1530 r. Podczas tej ostatniej Kopernik tłumaczył z polskiego wystąpienia posła królewskiego Jana Balińskiego. W 1531 r. uczony stał się jednym z bohaterów ośmieszającej maskarady w mieście. Podobny cel miała wydana w 1541 r. komedia „Błaźnimędrzec” autorstwa Wilhelma Gnapheusa, rektora tutejszego gimnazjum.

W Tolkmicku biskup warmiński Łukasz Watzenrode w kwietniu 1508 r. zwołał spotkanie z przedstawicielami miast: Gdańska, Elbląga i Torunia. Jako osobisty sekretarz biskupa Mikołaj Kopernik zapewne również uczestniczył w spotkaniu.

Tolmicko to jedno z najstarszych miast w regionie – prawa miejskie nadano mu w ostatnich latach XIII w. Z czasów średniowiecza zachowały się tutaj fragmenty murów obronnych z basztą (XIV w.), kaplica cmentarna i kościół św. Jakuba Apostoła (XV w.). XIX-wiecznym zabytkiem jest kościół pw. Matki Boskiej Anielskiej.

Kopernik po raz pierwszy przyjechał do miasta w lipcu 1501 r., aby oficjalnie przyjąć godność kanonika warmińskiego. Potem mieszkał tutaj od końca 1510 r. przez resztę życia (z przerwami na pobyt w Olsztynie i krótsze wyjazdy).

Na fromborskim Wzgórzu Katedralnym uczony zakupił basztę, do dzisiaj znaną jako Wieża Kopernika. Poza murami kompleksu nabył zaś kanonię. W jej ogrodzie urządził stanowisko do prowadzenia obserwacji nieba (tzw. pavimentum), którego śladów nie udało się do tej pory odnaleźć. Obserwacje owe wykorzystywał przy pracach nad reformą kalendarza juliańskiego, do udziału w których został zaproszony przez uczestników soboru laterańskiego w 1513 r., oraz oczywiście przy pisaniu kolejnych rozdziałów dzieła swojego życia „O obrotach”.

Niestety autor nie doczekał wydania go drukiem. Po chorobie zmarł w maju 1543 r. Został pochowany we fromborskiej katedrze. Po odnalezieniu i zidentyfikowaniu doczesnych szczątków astronoma, powtórnie pochowano je tutaj w 2010 r.

Frombork uzyskał prawa miejskie w 1310 r. Był i nadal jest siedzibą kapituły warmińskiej, a w latach 1795-1945 pełnił również funkcję stolicy biskupiej. Spolszczona nazwa Frauenburg (Zamek Pani) odnosi się do Najświętszej Marii Panny, patronki świątyni, wznoszącej się na Wzgórzu Katedralnym. Poza tym kompleksem zachowały się inne gotyckie budowle: szpital św. Ducha, Wieża Wodna, dawny kościół św. Mikołaja. Inne zabytki to: kanonie z XVII-XIX w. i pałac biskupi z XIX w.

Wzgórze Katedralne jest jedyną na świecie dobrze zachowaną średniowieczną warownią katedralną. Góruje nad nią gotycka Archikatedra Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny i św. Andrzeja Apostoła, wzniesiona w latach 1329-88. To największy kościół Warmii – trójnawowa, halowa budowla o blisko 100 m długości i ponad 16 m wysokości. Jej obecne wyposażenie jest głównie barokowe. Uwagę zwracają bogato zdobione organy z XVII w.

Inne budowle wzgórza – pałac biskupi, budynki kustodii, kurii i wikariatu, Wieża Kopernika – powstawały także głównie w XIV w. Później wzniesiono Wieżę Radziejowskiego (XVII w.).

Obecnie w kompleksie działają Muzeum Mikołaja Kopernika, przybliżające postać i dzieło astronoma oraz jego czasy, a także Muzeum Pomnika Historii Frombork Zespół Katedralny, które m.in. udostępnia turystom archikatedrę. W ramach pierwszej placówki funkcjonują: planetarium w Wieży Radziejowskiego oraz Park Astronomiczny z obserwatorium na Górze Żurawiej ok. 2 km od Fromborka. W szpitalu św. Ducha urządzono dział historii medycyny tego muzeum.

U stóp Wzgórza Katedralnego w 1973 r. ustawiono pomnik Kopernika. Figura z brązu ma 6 m wysokości, a stoi na granitowym cokole (3 m). Autorem monumentu jest Mieczysław Welter.

W Braniewie Kopernik przeżył trudne chwile w styczniu 1520 r., po zajęciu miasta przez Krzyżaków, gdy jako poseł biskupa warmińskiego Fabiana Luzjańskiego prowadził negocjacje z wielkim mistrzem Zakonu. Na pewno był tutaj również w sierpniu 1538 r. w trakcie objazdu włości z nowo wybranym biskupem Janem Dantyszkiem, a także w czerwcu 1541 r. na naradzie z tymże biskupem.

Na lidzbarski dwór swojego wuja, biskupa Łukasza Watzenrode, Kopernik po raz pierwszy przybył na przełomie 1495 i 1496 r., w związku z próbą objęcia funkcji kanonika warmińskiego. Po przyjeździe na Warmię na stałe w 1503 r. mieszkał w lidzbarskim zamku do 1510 r., pełniąc obowiązki osobistego sekretarza i lekarza biskupa.

Kopernik towarzyszył wujowi podczas zjazdów stanów pruskich, negocjacji polsko-krzyżackich i innych wydarzeń politycznych, doskonaląc swoje talenty dyplomatyczne. Równolegle prowadził też badania astronomiczne, opracowując zarys teorii heliocentrycznej, który zawarł w tzw. „Komentarzyku”.

W podziękowaniu za doznane dobrodziejstwa, właśnie wujowi zadedykował swoje pierwsze wydane drukiem dzieło, którym było tłumaczenie z greki na łacinę tomu listów bizantyjskiego pisarza Teofilakta Symokatty. Po przeprowadzce do Fromborka astronom odwiedzał stolicę biskupią wielokrotnie.

Lidzbarski zamek wzniesiono w latach 1350-55. Od końca XVI w. warownia zatracała charakter obronny, przekształcając się w okazały dwór biskupi. Obecnie w salach zamkowych mieści się Muzeum Warmińskie. Stała ekspozycja placówki jest poświęcona wybitnym mieszkańcom zamku, głównie Ignacemu Krasickiemu i innym biskupom (ale także Mikołajowi Kopernikowi).

W Olsztynie Mikołaj Kopernik bywał jako wizytator kapituły warmińskiej już w 1511 r. Jednym z licznych zadań zleconych mu przez kapitułę było pełnienie obowiązków administratora jej dóbr. W związku z tą funkcją uczony zamieszkiwał w zamku kapitulnym w Olsztynie w latach 1516-19 i 1520-21. Do jego obowiązków należało m.in. zasiedlanie wyludnionych wskutek działań wojennych wsi nowymi osadnikami, co wiązało się licznymi wyjazdami w teren. Świadectwem tych działań jest rękopis pt. „Lokacje łanów opuszczonych”, w którym znalazły się zapisy dotyczące wizyt w 43 warmińskich wsiach.

Na zlecenie biskupa warmińskiego Fabiana Luzjańskiego w 1517 r. Kopernik napisał rozprawę o reformie pieniądza, którą dwa lata później rozwinął w traktat „Zasady bicia monety”. W 1520 r. przygotował zamek i miasto do obrony przed spodziewanym atakiem Krzyżaków. Przyniosło to pożądany efekt w styczniu 1521 r., gdy odparto szturm krzyżackiego oddziału na mury miejskie w okolicach Furty Młyńskiej. Przez kolejne dwadzieścia lat astronom odwiedzał miasto nad Łyną jeszcze wielokrotnie.

Obecnie w zamku działa Muzeum Warmii i Mazur, w którym można obejrzeć m.in. ekspozycję poświęconą Kopernikowi oraz absolutny unikat – sporządzoną przez niego na ścianie krużganka i częściowo zachowaną tablicę astronomiczną (705 cm na 140 cm). To jedyne w świecie zachowane po dziś dzień narzędzie astronomiczne własnoręcznie wykonane przez Kopernika. Tablica przedstawianiu pozornego ruchu Słońca w dniach równonocy wiosennej i jesiennej.

W zamkowym parku stoi odsłonięte w 1916 r. popiersie Kopernika, wykonane przez berlińskiego rzeźbiarza Johannesa Götza. Przed wejściem do zamku w 2003 r. ustawiono rzeźbę Kopernika, autorstwa Urszuli Szmyt. Ma on formę ławeczki – można na niej przysiąść razem z astronomem i pozować do zdjęć.

W hołdzie wielkiemu uczonemu, w pięćsetną rocznicę jego urodzin (1973 r.) w Olsztynie oddano do użytku planetarium. W czasie prezentowanych w nim seansów widzowie udają się w wirtualne podróże kosmiczne, poznają sekrety gwiaździstego nieba, zjawiska astronomiczne i tajemnice natury. Nieopodal tej placówki, w dawnej wieży ciśnień, urządzono obserwatorium astronomiczne.

Mikołaj Kopernik przyjeżdżał do lubawskiego zamku w odwiedziny do swojego przyjaciela Tiedemana Giesego, wcześniej kanonika warmińskiego, a ówcześnie biskupa chełmińskiego. Gościł u niego dwukrotnie, aby służyć pomocą lekarską: w kwietniu 1538 r. i rok później. Spędził tutaj również czas od końca czerwca do połowy września 1539 r., przyjechawszy razem z Jerzym Joachimem Retykiem.

Ten młody matematyk był wysłannikiem przywódców reformacji Marcina Lutra i Filipa Melanchtona, i miał za zadanie zdemaskowanie „heretyckich teorii” astronomicznych Kopernika. Jednak poznawszy jego naukowe rozważania, stał się ich zagorzałym zwolennikiem. Podczas pobytu w Lubawie, wraz z biskupem Giesem zachęcał astronoma do wydania drukiem dzieła „O obrotach”. Ostatecznie Kopernik dał się przekonać.

Miejscowość została założona przez biskupa chełmińskiego w 1336 r. Jednak najstarsze zachowane budynki pochodzą sprzed około wieku (m.in. dawna szkoła).

Od 2012 r. w Truszczynach działa obserwatorium astronomiczne, nad którym pieczę sprawuje Fundacja Nicolaus Copernicus. Zajmuje się ona popularyzacją nauk przyrodniczych, matematycznych i astronomicznych, a także przybliżaniem postaci i dorobku Mikołaja Kopernika.

Placówka w Truszczynach prowadzi badania obiektów i zdarzeń w przestrzeni kosmicznej oraz działalność edukacyjną i popularyzatorską.
W osobnym budynku można obejrzeć wystawę na temat Mikołaja Koperniku, kolekcję meteorytów oraz przenośną miniaturę Układu Słonecznego W sali konferencyjnej są organizowane prelekcje i prezentacje filmów o tematyce związanej z badaniami Kosmosu i historią nauki.