濱本耕平のサイト / Kohei Hamamoto's website

濱本耕平のサイトへようこそ / Welcome to Kohei Hamamoto's website

サイトを開設しました。ナマコをはじめとする海洋無脊椎動物の研究をしています。

日々の雑感を日記代わりに書いてみようと思います。

Welcome to Kouhei Hamamoto’s site. I am a marine biologist who primarily researches sea cucumbers. I will be sharing about my daily activities and introducing my research.

2024/05/30: 瀬底ステーションにハブがいました / Habu encounter

サンゴの着底実験を終えて帰ろうとしたところ、瀬底ステーションの通用門前に大きなハブが!

1.5 mほどあったでしょうか、結構大きくて貫禄がありました。踏まなくて良かった…

Just as I was about to go home after completing the experiment of settling coral larvae, there was a large "Habu" snake in front of the gate of Sesoko Station. It was about 1.5 meters long and quite impressive. I’m relieved that I didn’t run over it with the car.

2024/05/22~しばらくの間: サンゴが産卵しました / Coral spawning

毎度このくらいの時期に起きるのですが、今年もサンゴ(コユビミドリイシ)が産卵しました。用意していた群体全てが産卵し、うれしい悲鳴ではあるものの数が多すぎてなかなか壮絶でした。

This happens around this time every year, but this year again, the coral (Acropora digitifera) has spawned. All the colonies we had prepared spawned, and although it was a joyous occasion, the sheer number made it quite challenging.

産卵直前のサンゴにズームイン。ピンク色のポツポツしたのが卵です。もう半分くらい外に出かかっています。

Zooming in on the coral just before spawning, you can see the pink spots which are the eggs. They are already about halfway out.

サンゴの受精卵です。水質が悪化すると死んでしまうので、初期発生の間こまめに水を変えてあげなければいけません。夜中の1時、3時、5時とかを交代で…北里大学の皆さん、ありがとうございました。

This is a fertilized egg of coral. If the water quality deteriorates, it will die, so you must diligently change the water during early development. We took turns at 1 a.m., 3 a.m., 5 a.m., etc… Thank you to everyone from Kitasato University for their halp.

サンゴの初期発生胚の顕微鏡写真、一部は卵割が始まっています。この子達はあと数日するとプラヌラ幼生という幼生に変態して泳ぎ出します。

This is a microscopic photo of the early developmental embryos of coral, some of which have begun to undergo cell division. These embryos will metamorphose into planula larvae and start swimming in a few days.

とにかくすごい数の胚が得られました(例年の1.5から2倍くらい?)。

昨年はちょうど台風直撃の日に産卵し、エアコンも電気もない中での対応で皆苦労していましたが、今年も別の意味で大変でした。(エアコンはまた故障のため今年も使えませんでしたが…)

サンゴ初期発生ポリプを使った実験は自分のテーマにも入っているので、これからも頑張ってお世話しなければ…

We were able to obtain an incredible number of embryos (about 1.5 to 2 times the usual amount?). 

Last year, the spawning occurred on the day of a direct hit from a typhoon, and everyone struggled to cope without air conditioning or electricity. This year was challenging in a different way (we couldn’t use the air conditioning again this year due to a breakdown though…). 

Experiments using early-stage coral polyps are also part of my research theme, so I must continue to take good care of them.

2024/05/26: 沖縄生物学会で発表してきました / I gave a presentation at Okinawa Biology Conference

数年ぶりに沖縄生物学会で口頭発表を行ってきました。今回は四学会の合同開催だったこともあり、日頃聞けないお話を聞けてとても勉強になりました。

I gave an oral presentation at the Okinawa Biological Society meeting for the first time in several years. This time, it was a joint meeting of four societies, and I learned a lot from listening to talks that I don’t usually get to hear.

今回の自分の発表は、石垣島の周辺沿岸水・河川水から得られた環境DNAの解析結果に関してでした。

特に、今我々が目指している高密度かつ網羅的なサンプリングにはとにかくマンパワーが不可欠なので、広く協力者を募りつつ様々お話しさせていただきました。

また、ポスター発表の際にも様々な方と議論させていただき、幸いなことにある高校の先生とも情報を交換させていただくことができました。

余談ですが、自分も学位を取って大学を離れて1年以上経ち、少しづつ大学の雰囲気を忘れつつありましたが、久しぶりに後輩たちの顔を見られて嬉しかったです。なんだか同窓会のような気持ちになりました。

また来年も参加して、何か発表できればいいなあと思います。

My presentation this time was about the analysis results of environmental DNA obtained from the coastal and river waters around Ishigaki Island. 

As an aside, it’s been over a year since I got my degree and left the university, and I’m gradually forgetting the atmosphere of the university, but I was happy to see the faces of my juniors after a long time. 

I hope to participate again next year and make some kind of presentation.

2024/05/14: 論文がでました!/ New paper is now out!

このほど、Science of The Total Environment誌から「Asymmetric genetic population structures at the range edges of a mangrove whelk」という題で論文が出版されました!

今回用いたキバウミニナはインド太平洋にかなり広い分布をもち、今回の論文ではアフリカ集団と沖縄集団を用いて、分布辺縁における遺伝的集団構造とその形成過程を議論しました。

端的にいうと、驚いたことにミトコンドリアCOI配列に基づく比較ではアフリカと日本の集団では明確な遺伝的隔絶は見られず、比較的遺伝的に交流がある、または近年分布が拡大したことが考えられました。

また、集団遺伝構造を分析した結果(genetic beta-diversityというものを使いました)、北限集団(日本)では地点間の遺伝子流動が大きく、南限集団(アフリカ大陸南東沿岸)では地点間が隔絶しているであろうということがわかりました。われわれは海流がこの違いを引き起こしているんじゃないかと考えています。

興味のある方は、以下のリンクから50日間は無料で読めるようです。もちろん、個人的に連絡いただければ50日以降でも共有しますので、いつでもお知らせください!

https://authors.elsevier.com/c/1j7rUB8cd0NkX


Recently, a paper titled ‘Asymmetric genetic population structures at the range edges of a mangrove whelk’ was published in the journal Science of The Total Environment! The species we used this time, Terebralia palustris, has a fairly wide distribution in the Indo-Pacific, and in this paper, we discussed the genetic population structure and its formation process at the distribution edges using the African and Okinawa populations. To put it simply, surprisingly, based on the comparison of mitochondrial COI sequences, there was no clear genetic isolation between the African and Japanese populations, suggesting that there is relatively genetic exchange, or the distribution has expanded in recent years. Also, as a result of analyzing the population genetic structure (we used genetic beta-diversity), we found that the gene flow between sites is large in the northern limit population (Japan), and the sites are likely to be isolated in the southern limit population (southeast coast of the African continent). We think that ocean currents may be causing this difference. If you are interested, you can read it for free from the link below for 50 days. Of course, if you contact me personally, I will share it even after 50 days, so please let me know anytime!

https://authors.elsevier.com/c/1j7rUB8cd0NkX

2024/04/23: こんなにデカいのは初めてみました / First ever encounter to such a big sea slug.

先日、瀬底研究施設の桟橋での採水調査を終え、歩いて戻っていると、海岸に変なオレンジの物体が落ちているのに気がつきました。

はじめは子供用の浮き輪かビーチボールかと思ったのですが…よくみると蠢いている!

急いで磯に降りてサルベージしてみると、なんと30cmほどの大きなミカドウミウシでした。大きくなる種類なのは知っていましたが、ここまでのサイズを見るのは初めてで、驚きました。

どうも60cmくらいまで大きくなることもあるようで…海で見たらちょっとビビるなと思いました

The other day, after finishing a eDNA sampling at the Sesoko Station pier, I noticed a strange orange object on the beach as I was walking back. At first, I thought it was a children’s float or beach ball… but on closer inspection, it was wriggling! I quickly went down to the shore to salvage it, and to my surprise, it was a large sea slug (Hexabranchus sanguineus?, in other word, Spanish dancer) about 30cm in size. I knew they could grow big, but this was the first time I had seen one this size, and I was surprised. Apparently, they can grow up to about 60cm… I thought I would be a little scared if I saw it in the sea.

取材が来ても良いように写真撮影(来ませんでした)

横に並べてあるサンダルは28cmほどです。

I took photos in case there was a press coverage (which didn’t happen). 

The sandal placed next to it is about 28cm long.

2024/02/29:科研費は不採択でした… / Grant application didn't go well

天にお祈りしながら迎えた運命の日、移動日だったので与論空港でテザリングしながら科研費の結果を確認…

…残念ながら、不採択でした。

なかなかままなりませんが、今はとにかく論文を書くしかないと思ってなんとか頑張るしかないですね。

ちなみにこの写真は与論で見つけた、石灰岩の間から覗く綺麗な海と、奥に見える沖縄島(多分辺戸岬?)です。

この綺麗な海のように澄んだ心で、粛々と励みたいと思います(ちなみにこの日は海況は最悪でした)。

On the day of destiny, I checked the results of my research grant at Yoron Airport… Unfortunately, it was not accepted. Things don’t always go as planned, but for now, I think all I can do is try my best to write papers. 

By the way, this photo is of a beautiful sea peeking through the limestone, and Okinawa Island (probably Cape Hedo?) in the distance, which I found in Yoron. Like this beautiful sea, I want to work diligently with a clear mind (the sea conditions were the worst on this day though).

2024/02/27-29:与論島に調査に行ってきました / I perticipated a research trip to Yoron Island.

日付が前後してしまいますが、2月の末に与論島に採水調査に行ってきました。琉球大学の中村崇先生の研究室ご卒業のIさんに島内をいろいろとご紹介いただき、有意義な調査になりました。与論の皆様にも温かく迎えていただき、感激しました。

いろいろとご協力させていただけそうなので、またちょくちょくここでもご紹介できればと思います。

I went on a water sampling survey to Yoron Island at the end of February and it was a meaningful survey. I was warmly welcomed by the people of Yoron, and I was deeply moved. It seems that I will be able to cooperate in various ways, so I hope to introduce it here from time to time.

世にも珍しい滑走路の下をくぐるトンネル、中にいる時に飛行機が来たらどうなってしまうんだろう…

It’s a rare sight to see a tunnel that goes under a runway. I wonder what would happen if a plane came while I was inside…

人生初与論でした。とても良いところ。

At Yoron Airport. It was such a peaceful place.

赤土が流れ出す河口。与論では下水処理施設があまり整備されておらず、各家庭に導入された合併浄化槽に頼るところが多いそうで、生活排水が海に流出してしまうことも問題だとか。

The mouth of a river where red soil flows out. In Yoron, sewage treatment facilities are not well developed, and it seems that many households rely on combined septic tanks installed in each home. And therefore it’s a problem that domestic wastewater can flow out into the sea.

2024/03/02:サンゴ礁ウィークで解説を担当してきました / I joined an event about coral reefs.

サンゴの日(3月5日)前後に、沖縄県サンゴ礁保全推進協議会様が開催されている「サンゴ礁ウィーク」のイベントの一環として、サンゴ礁について解説するインタープリターの一人としてお邪魔させていただきました。

ナマコの話を主として、ウニやブダイなど、サンゴ礁に暮らす生き物たちの紹介をしました。

午前中には、RBC琉球放送さんの取材にも入っていただき、4代目ミスワリンの澪花さんにいろいろとお話を聞いていただきました!

自分が一生懸命作った㊙︎着ぐるみにも入ってくれて、感激しました。子供たち向けに4年ほど前に作成したものの、気味悪がられ敬遠され続けてきましたが、ここへきて報われた気がします笑

ともあれ、改めてこうした機会に研究と社会とをつなぐ役割というのはとても重要だなと感じさせていただきました。

この気持ちを忘れず、これからも自然と社会とを橋渡しできるように、邁進していきたいと思います。

I gave a lecture on coral reefs at an event held on March 5th. I mainly talked about sea cucumbers and introduced creatures living in the coral reefs, such as sea urchins and parrotfish. 

In the morning, I was interviewed by RBC Ryukyu Broadcasting, and Mioka, the fourth Miss Warin, listened to various stories! I was moved when she wore the sea cucumber costume I had worked hard to make. It was made for children about four years ago, but it had been avoided because it was creepy, so I felt rewarded. 

I was reminded once again that the role of connecting research and society is very important. I don’t want to forget this feeling, and I want to continue to bridge nature and society.

2024/02/28:論文が出版されました / New paper is now out!

濱本@与論島です。生物相の調査と、いろいろな聞き取りにお邪魔しています。

今年の初めに受理されていたキバウミニナの新産地報告短報がPlankton and Benthos Research誌から出版されたようです。これまで宮古島が最北端だと考えられていた本種ですが、今回座間味から新たに個体群を報告しました。

https://www.jstage.jst.go.jp/article/pbr/19/1/19_B190103/_article/-char/ja 

自然に分散してきたのか、他の移入経路を経たのかは神のみぞ知る…という感じですが、貝塚記録などでは過去沖縄島などにも分布していたようなので、意外と今後沖縄島からも見つかったりするのかもしれません。

本種はアフリカ大陸から西太平洋まで非常に広い分布域を持っており、そちらも今目下論文投稿中なので、また近いうちにキバウミニナについて紹介させていただくかと思います。*2024/05/29追記:出版されました!https://authors.elsevier.com/c/1j7rUB8cd0NkX

A short report on a new habitat for Terebralia palustris, which was accepted at the beginning of this year, have been published from the Plankton and Benthos Research journal. Until now, this species was thought to have its northernmost distribution in Miyako Island, but this time we reported a new population from Zamami Island, Kerama Islands, Okinawa. Whether it has dispersed naturally or through other introduction routes is known only to God… However, according to shell mound records and such, it seems to have been distributed in Okinawa Island in the past, so it might be found from Okinawa Island in the future. 

This species has a very wide distribution area from the African continent to the Western Pacific, and we are currently submitting a paper on that as well, so I think I will introduce about this species again in the near future. *It has been published too now! https://authors.elsevier.com/c/1j7rUB8cd0NkX

2024/02/08:沖縄県立向陽高校で講師を務めてきました / I have served as a lecturer on eDNA sampling.

沖縄県立向陽高校のSSHの授業にお招きいただき、環境DNAのサンプリング手法について実技を教えてきました。琉球大学理学部の小枝先生はじめ研究室の皆さんも参加してくださり、賑やかで楽しい時間でした。

環境DNAサンプリングは比較的シンプルかつ簡単ですし(解析は大変ですが)、社会的注目度も高いので、引き続き色々な人に知ってもらえるよう活動に参加していければいいなと思っています。

I taught about the sampling method of environmental DNA in a class at Okinawa Prefectural Kohyo High School. Professor Koeda and others from the Faculty of Science at the University of the Ryukyus also participated. 

Environmental DNA sampling is relatively simple and easy, and it has a high level of social attention, so I will continue to work to make it known to various people.

2024/02/04:イベント講師を務めてきました-2 / I organized an educational event -2

先日の投稿に続き、自分が解説員を務めさせていただいたイベントの様子を、写真で紹介したいと思います。

Following my previous post, I would like to introduce the event I organized, through photos.

屋外水槽にも生き物がたくさんいました。ミーバイをみて「美味しそう!」

There were many creatures in the outdoor tank. Looking at the grouper, someone said, ‘It looks delicious!’

瀬底研究施設についてスライドを用いて説明。

I explained about the Sesoko Station using slides.

桟橋では小さな魚やサンゴが観察できました

We observed small fish and coral at the pier.

顕微鏡を用いた観察会。みんな一生懸命スケッチを描いてくれました。

We also held an observation session using a microscope. The children all worked hard to draw sketches.

高橋俊一先生のご厚意で、蛍光顕微鏡での観察も。綺麗な緑色蛍光ですね。

We also conducted observations using a fluorescence microscope.

2024/02/04:イベントの講師を務めてきました-1 / I organized an educational event -1

今日は、沖縄県公衆衛生協会様のご依頼で、自分がいつもお世話になっている琉球大学瀬底研究施設の施設紹介ツアーを担当してきました。

自分は学部生の頃から何度もここを訪れ、実習や調査を行ってきました。が、改めて紹介するということになり色々調べてみると、意外と全然何も知らないものですね、とても勉強になりました。

特に、瀬底の年間利用者は琉大関係者がのべ約3000人、学外利用者ものべ約3000人と、自分の予想を遥かに超えていて驚きました。大人気ですね、さすがは瀬底研究施設…

小学校高学年が対象で、20名の定員でしたが、なんと200名を超える応募があったとか。正直かなり驚きました!でもそれだけ人気なだけあってか、参加してくれた皆さんは、真剣に話を聞いてくれて、質問もたくさん出て僕もとても楽しかったです。

顕微鏡観察会も蛍光顕微鏡体験、フィールドツアーも後ほど写真をいくつかピックアップして載せようかなと思います。

I organized a facility introduction tour of the Sesoko Station at the University of the Ryukyus. I have visited here many times since I was an undergraduate and have conducted practical training and surveys, but when I introduce it and looked into various things, there were many things I didn’t know, and it was very educational. In particular, the annual users of Sesoko were about 3,000 people related to the University of the Ryukyus and about 3,000 external users, which far exceeded my expectations. 

The target was upper elementary school students, and the capacity was 20 people, but there were over 200 applicants. Everyone who participated listened to the story seriously and asked a lot of questions.

2024/01/26-28:宮古島での調査に参加してきました / I perticipated to a field trip to Miyako.

宮古島での調査に参加させていただき、ミヤコサワガニの生息地調査や、キバウミニナの生息地調査を行ってきました。これまで見たことのなかった宮古島の一面を目にして、すっかり魅了されてしまいました。特に、洞窟の底に溜まった水の透明度たるや!

ぜひ近いうちにまた訪れたいなと思いました。

タコ丼も非常に美味でした。お店によっては、タイミングが良ければタコ墨のパスタなども食べることができるそうです。苦味があるらしく、味が気になります。

伺ったところによると、宮古島ではジャノメナマコが食用になるそう。こちらも次来たら絶対に食べたいところです。

 I had the opportunity to join a survey on Miyako Island, where we conducted habitat surveys for Geothelphusa miyakoensis and Terebralia palustris. I was completely captivated by the sight of Miyako Island, which I had never seen before. Especially, the transparency of the water at the bottom of the cave was amazing! I would love to visit again soon.

The 'octopus bowl' was also very delicious. Depending on the shop, if the timing is good, you can also eat pasta with octopus (not squid) ink. It seems to have a bitterness, and I’m curious about the taste.

I heard that in Miyako Island, the Janome sea cucumber is used for food. I definitely want to try it the next time I visit. 

↑オカガニが海に出られるように作られたカニさんトンネルの手作り標識

2023/11/09 備忘録:Rのバージョンに対応していない古いパッケージをインストールする

"Warning in install.packages :

  package ‘PACKAGENAME’ is not available for this version of R"

みたいなエラーが出た時の対処方法。


# まずCRAN archive から目当てのパッケージ、バージョンを探し、以下のような感じで格納

url <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/PACKAGENAME/PACKAGENAME_1.0.4.tar.gz"

pkgFile <- "PACKAGENAME_1.0.4.tar.gz"

download.file(url = url, destfile = pkgFile)


#dependenciesなパッケージが有ればあらかじめ入れておく

install.packages(c("SUBPKG"))


# Install package

install.packages(pkgs=pkgFile, type="source", repos=NULL)

2023/10/03 イベントの講師をしてきました / I served as a lecture at a field observation

縁あって、沖縄県公衆衛生協会様の方で行なっていらっしゃる「沖縄県委託事業令和5年度子ども科学技術人材育成事業 高校生を対象としたボトムアップ型体験プログラムで講師をさせていただきました。ずばり「ナマコ博士といく、イノー観察!」ということで、ナマコ含む様々な生物について色々とお話しさせていただきました。…途中までナマコが見つからずまずいぞと思っていましたが、幸いなことに中盤クリイロナマコくんに助けられました。

生徒の皆さんも、はじめは少し緊張している様子でしたが、次第に打ち解けて質問をしたり積極的に参加してくれて、解説をしていてとても楽しかったです。

またぜひ地元の子供達に研究を還元する機会があるといいなと思います。

By chance, I served as a lecturer at a field observation for local high school students. The students seemed a little nervous at first, but gradually they loosened up, asked questions, and actively participated, which made the interpretation very enjoyable. I hope to have another opportunity to interact with local children.

2023/08/28 沖縄島北部で調査 / field observation at northern Okinawa

本島北部西海岸でナマコ類の調査を行ってきました。何やら怪しい砂がもっこりとしたところを突っついてみると…

I conducted a survey of sea cucumbers on the northern west coast of Okinawa Island. When I poked at a suspiciously bulging sand, something happened…

フタスジナマコが隠れていました。

この場所にはフタスジナマコとシカクナマコが山ほどいました、何が彼らを惹きつけるのか…

A Bohadschia vitiensis was hiding. There were a lot of Bohadschia vitiensis and Stichopus chloronotus in this place, I wonder what attracts them…

2023/08/23 備忘録:台風の後片付け / Typhoon damage

7月末から8月頭にかけて沖縄周辺に居座った台風が去った後、瀬底実験施設のみんなと桟橋の片付けをしました。

After the typhoon that lingered around Okinawa from the end of July to the beginning of August had passed, we cleaned up the pier with everyone at the Sesoko Station.

中には台風前までは生きていただろう大きなハマサンゴなども打ち上がっていて、その体表にはカピカピになったイバラカンザシのミイラがそのままついていたました。

台風のパワーは恐ろしいです。

Among them were large coral reefs, such as the Porites, which would have been alive before the typhoon. The remains of the Spirobranchus were still attached to their surfaces. The power of a typhoon is indeed terrifying.


2023/08/16 サンゴ幼生の観察 / Coral babies!

色々教えてもらいながら頑張って着底させたサンゴの赤ちゃんの写真を撮りました👶

肉眼で見ても茶色い汚れにしか見えず、ひょっとしてとっくの昔に死んでるのではと不安でしたが、元気そうでよかったです。

I took a picture of a baby coral that I managed to settle down. 

With naked eyes, it looked like nothing more than brown dirt, and I was worried that it might have died a long time ago, but I’m glad it seemed healthy.