Gibu K, Kohei Hamamoto, Koeda K, Nishijima M, Kise H, Mizuyama M, Suzuki A, Aoki N, Yasuda N, Iguchi A*. (Accepted). Environmental DNA analysis at multiple taxonomic levels highlights geographic variation in subtropical coastal marine communities. Scientific Reports.
Kohei Hamamoto*, Nishijima M, Gibu K, Suzuki A, Yamazaki J, Koeda K, Aoki N, Iguchi A*. (2025). Distinct Community Compositions of Prokaryotes, Eukaryotes, and Fishes Revealed Through Environmental DNA Analysis at Different Salinities Around Ishigaki Island, Okinawa, Japan. Environmental DNA. DOI: 10.1002/edn3.70115
Maeda A*, Kohei Hamamoto, Nishijima M, Iguchi A, Suzuki A. (2025). Dinoflagellate diversity of large benthic foraminifera in harsh shallow-water environments. Coral reefs DOI: https://doi.org/10.1007/s00338-025-02671-4
Kohei Hamamoto*, Mizuyama M, Nishijima M, Maeda A, Gibu K, Poliseno A, Iguchi A*, Reimer JD. (2024) Diversity, composition and potential roles of sedimentary microbial communities in different coastal substrates around subtropical Okinawa Island, Japan. . Environmental Microbiome 19(1):54.
Kohei Hamamoto, Akira Iguchi, Kodai Gibu, Hiroyuki Ozawa, Mari Kojima, Saki Mizuno, Yuki Yoshioka, Naoki Saito, Yoshihisa Fujita. (2024). Asymmetric genetic population structures at the range edges of a mangrove whelk. Science of The Total Environment, 173248.
Kohei Hamamoto, Akira Iguchi*, Kodai Gibu, Hiroyuki Ozawa, Yoshihisa Fujita. (2024). A discovery of the northernmost population of the giant mangrove whelk Terebralia palustris (Mollusca: Gastropoda: Potamididae) on Zamami Island and its genetic variability. Plankton and Benthos Research, 19(1), 60-65.
Kohei Hamamoto*, James Davis Reimer. (2022). Ascidians observed associating epizoically on holothurians in waters in the Kerama Islands, Okinawa, Japan. Plankton and Benthos Research, 17(4), 338-342. ナマコ類とホヤ類との共生関係の可能性を世界で初めて示した。ナマコ類は多種多様な生物をその体表および体内に共生させることが知られるが、ホヤ類については知られていなかった。フィールドで観察された現象から、これらの共生関係がもつ生態学的役割、すなわちホヤが含有する生物活性を持つ物質をがナマコの捕食圧を低下させたり、ナマコの体表に付着することでホヤの移動性が増す可能性について考察した。
Kohei Hamamoto*, Taha Soliman, Angelo Poliseno, James Davis Reimer. (2022). Shallow epifaunal sea cucumber densities and their relationship with the benthic community in the Okinawa Islands. PeerJ 10: e14181. 沖縄島周辺におけるナマコ類の個体群密度、および底質選好性についての知見をまとめ、発表した。結果では、沖縄島周辺で一部のナマコ類が乱獲が原因で枯渇している可能性が示された。また、一部のナマコは造礁サンゴ類と弱い相関を持つこと示唆され、ナマコ類と造礁サンゴ類間での相互作用について議論を行った。ナマコ類は世界的に乱獲が懸念されており、こうした基礎的な知見は保全において重要である。
Masayuki Osawa*, Hiroki Nakajima, Kohei Hamamoto. (2022). A new infaunal species of the genus Enosteoides Johnson, 1970 (Crustacea: Decapoda: Anomura: Porcellanidae) from Okinawa, southwestern Japan. Zootaxa, 5182(6), 582-592. Enosteoides属未記載種を、ヤビーポンプという器具を用いた手法で採取し、本分類群の専門家と協働して「ツブテカニダマシ」として記載を行なった。テッポウエビとハゼ類の共生巣穴を利用する生態を持つと考えられ、これまで沖縄沿岸で注目されてこなかった環境にスポットを当てた。本種の記載に際しては、（株）沖縄タイムス社の令和4年10月4日朝刊二社面に記事が掲載された。
髙野 剛史*, 濱本 耕平. (2022). コブヒトデに寄生していたチャイロヘソアキゴウナ(新生腹足亜綱:ハナゴウナ科). 日本貝類学会誌「ちりぼたん」52巻2号 pp.170-174. 沖縄島中城湾にて申請者がコブヒトデ体表上から発見した寄生貝チャイロヘソアキゴウナについて、専門家との協働の上学会紙面上で報告した。採取された個体は、日本国内におけるヘソアキゴウナ属貝類の宿主上からの初発見であり、同属既知種での宿主報告としては世界初となった。本種はその希少さから生態がほとんど知られておらず、本論文の知見は生態解明に重要なものとなった。
Kohei Hamamoto*, Taha Soliman, Angelo Poliseno, Iria Fernandez-Silva, James Davis Reimer. (2021). Higher genetic diversity of the common sea sucumber Holothuria (Halodeima) atra in marine protected areas of the Central and Southern Ryukyu Islands. Frontiers in Conservation Science 2:736633. 本論文では中・南琉球から得たクロナマコ組織片計295標本を用いて遺伝的集団構造解析を行なった。ミトコンドリアCOI配列に基づく結果では石垣島、座間味島および沖縄島の個体群間で遺伝的に異なる集団が存在すること、さらには各島内でも分化が見られることが明らかとなった。これらの知見から一歩踏み込んで、遺伝的に異なる集団を異なる保全単位として扱う必要性について議論した。
日本学術振興会 特別研究員奨励費（代表）「ナマコ類による底質の蓄積型栄養塩除去と細菌叢改変がサンゴの生育に及ぼす影響の解明」2025.04-2027.03、429千円
科研費若手（代表）「ナマコ類の遺伝的多様性が共生する細菌叢とその発現機能遺伝子に与える影響の解明」2023.04-2026.03、481千円
濱本耕平. 琉球列島沿岸域のナマコについて〜水産学的データおよび生態学的知見から〜. 第84回瀬戸海洋生物学セミナー. 2023年12月21日, オンライン開催. 招待講演.
濱本耕平*, Angelo POLISENO, 西島美由紀, 水山克, 儀武晃大, James Davis REIMER. 沖縄島周辺におけるクロナマコの糞便および堆積物中の細菌叢を大規模DNA解析で読み解く. 第39回 地質調査総合センターシンポジウム 美ら海の産業と環境の調和を科学の力で～陸-沿岸-海洋研究の最前線～．2023年3月3日．沖縄県立博物館・美術館（おきみゅー） 講堂．ポスター発表
「瀬底島にある海の研究施設を探れ！」沖縄県公衆衛生協会 沖縄県委託事業 令和5年度子ども科学技術人材育成事業 小学校高学年を対象としたボトムアップ型体験プログラム、2024年2月4日、講師
「ナマコ博士といく、イノー観察！」沖縄県公衆衛生協会 沖縄県委託事業 令和5年度子ども科学技術人材育成事業 高校生を対象としたボトムアップ型体験プログラム 、2023年10月1日、解説員
「SDGsとナマコのおはなし 」宇堅地域子供会・宇堅自治会 楽しく学ぼうSDGs勉強会、2022年3月27日 、講師
「沖縄で生物学を学ぶ〜サンゴ礁生態系と生物多様性〜」沖縄県公衆衛生協会 子供科学技術人材育成事業、サイエンスリーダー育成講座・中学生プロジェクト、2021年12月19日、講演
「ナマコ類の生態学的役割と沖縄沿岸における現状について」慶良間諸島国立公園ビジターセンターさんごゆんたく館、2021年11月19日、講演（新聞掲載、下記参照）
「沖縄のサンゴ礁研究最前線~カモンベイビーS&GO~ 」一般社団法人日本サンゴ礁学会 若手の会 サンゴ礁ウィーク企画 2019年3月9日 - 2019年3月10日、運営参加・支援
「沖縄のサンゴ礁研究最前線―君の褐虫藻をたべたい― 」一般社団法人日本サンゴ礁学会 若手の会 サンゴ礁ウィーク企画 2018年3月10日 - 2018年3月11日、運営参加・支援
環境DNAサンプリング手法講習（2024年2月8日沖縄県立向陽高校）
修学旅行生へのサンゴ礁生態系解説（2014年〜現在）
各都道府県の学校での出張授業（2016年〜現在。山形県（オンライン）、東京都、神奈川県、広島県）
玉川大学観光学部観光学科 ゲスト講義（2020年、2021年、2022年 各2×90分）
沖縄県内の小中高校生に向けたサンゴ礁生態系解説（2019年〜現在）
【メディア掲載】
「カニ似ヤドカリ 名護で発見 」沖縄タイムス 二社 2022年10月4日
「沖縄の海、世界誇る固有種 」琉球新報 25面 2021年12月12日
【ガイドブック】
「大度浜海岸 文化と自然ガイドブック」濱本耕平・有働達也・相馬健晟・濱本奈々瀬、2022年3月発行、琉球大学「地域共創型学生プロジェクト（ちゅらプロ）」の支援を得て作成