ChemCraft Tips

【注意・免責】
研究室内部向けの内容が多い点にご注意ください（このページは作りかけです）。
公式Website：https://www.chemcraftprog.com/

※ ChemCraftのライセンスは有償ですが、30日間だけ無料の試用期間があります。理論研では分子構造の作成に専ら ChemCraft を利用しています（多分）。

・立体構造の可視化

• • GRRMプログラムの計算結果 xxx.log の各ITR（イタレーション）の3次元座標を取得し、xyz形式にして羅列するとコマ送り可能。

・ユーザー定義のモチーフ構造を追加する

1. • ユーザーが定義したモチーフ構造を追加することができる。手順は以下の通り。
     ① 追加したい構造を選択された状態にする（molecule でない場合はダミー原子 X も含めること）
     ② [Edit] > [Add selected fragment to database] > (分かりやすい名前を付ける) >  [OK]
     これにより、頻繁に利用する系の構造をいちいち組み立てる必要がなくなる。
     （参考）Working with molecular fragments

・双極子モーメントの可視化

• • Gaussianプログラムの場合、計算結果のアウトプットファイル（分子軌道の情報が書き込まれているバイナリ）である xxx_MO.rrm をformchkコマンドでチェックポイントファイルに変換。

  • fchkファイルをChemCraftで開き、左下の "Show dipole moment" のチェックを入れると双極子モーメントに対応するベクトルが表示される。（表示できない場合はそもそも双極子モーメントが計算されていない可能性がある）

・MO（分子軌道）の可視化

• • Gaussianプログラムの場合、計算結果のアウトプットファイル（分子軌道の情報が書き込まれているバイナリ）である xxx_MO.rrm をformchkコマンドでチェックポイントファイルに変換。

  • fchkファイルをChemCraftで開き、"Tools" タブ > "Orbitals" > "Render ..." をクリック。

  • 可視化したい軌道の番号にチェックを入れて "OK" をクリック。

  • 左下の "Show ..." をクリック。表示スタイルは "styles" で変更可能。