ศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้อำเภอเมืองประจวบคีรีขันธ์ เป็นสถานศึกษาในสังกัดสำนักงานส่งเสริมการเรียนรู้จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ กรมส่งเสริมการเรียนรู้ กระทรวงศึกษาธิการ ได้ประกาศจัดตั้งเป็นสถานศึกษาครั้งแรกในชื่อศูนย์บริการการศึกษานอกโรงเรียนอำเภอเมืองประจวบคีรีขันธ์ เมื่อวันที่ 19 ธันวาคม 2538 โดยมีนายสากล ประมงค์ เป็นหัวหน้าศูนย์คนแรก มีที่ตั้งสำนักงานอยู่ที่ห้องสมุดประชาชนจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ต่อมาปี พ.ศ.2544 ได้ย้ายออกจากอาคารห้องสมุดประชาชนจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ มาอยู่ที่อาคารวิชาชีพภายในบริเวณเดียวกับศูนย์การศึกษานอกโรงเรียนจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ จากนั้นในวันที่ 6 มิถุนายน 2548 นางสาวขวัญจิตต์ ศรีจันทนากุล ได้ย้ายมาปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการศูนย์ ถึงปี พ.ศ. 2552 และในวันที่ 14 ตุลาคม 2552 นายศุภัชณัฏฐ์ หลักเมือง ได้ย้ายมาปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการศูนย์ จนถึงวันที่ 30 พฤศจิกายน 2554 นางสาวขวัญจิตต์ ศรีจันทนากุล ในวันที่ 23 พฤศจิกายน 2558 - 30 กันยายน 2564 และผู้อำนวยการศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้อำเภอเมืองประจวบคีรีขันธ์ คนปัจจุบัน คือ นางมณีรัตน์ อัจฉริยพันธกุล
กระทรวงศึกษาธิการ ได้มีประกาศบัญชีรายชื่อ สถานศึกษาตามพระราชบัญญัติส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัยโดยเปลี่ยนชื่อสถานศึกษาจากเดิม คือ ศูนย์บริการการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย เป็นศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้อำเภอเมืองประจวบคีรีขันธ์ และเมื่อวันที่ 18 พฤษภาคม 2566 กระทรวงศึกษาธิการ มีการโอนบรรดากิจการ อำนาจหน้าที่ ทรัพย์สิน งบประมาณ สิทธิ หนี้ และภาระผูกพันทั้งปวง ระหว่าง สำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย ( สำนักงาน กศน.) สังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ (สป.ศธ.) ให้ กรมส่งเสริมการเรียนรู้ (สกร.) กระทรวงศึกษาธิการ ศูนย์การศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย จึงเปลี่ยนเป็นศูนย์ส่งเสริมการเรียนรู้อำเภอเมืองประจวบคีรีขันธ์