Lembaga adalah calon tumbuhan baru, yang nantinya akan tumbuh menjadi tumbuhan baru, setelah biji memperoleh syarat- syarat yang diperlukan. Lembaga di dalam biji telah memperlihatkan ketiga bagian utama tubuh tumbuhan, yaitu:
a. akar lembaga atau calon akar (radicula), yang biasanya kemudian akan tumbuh terus merupakan akar tunggang (untuk tumbuhan yang tergolong dalam Dicotyledoneqe. Akar lembaga ini ujungnya menghadap ke arah liang biji, dan pada perkecambahan biji, akar itu akan tumbuh menembus kulit biji dan keluar melalui liang tadi. Pada rumput (Gramineae), akar lemba- ga dalam biji diselubungi oleh suatu sarung yang dinamakan sarung akar lembaga (coleorhiza). Pada perkecambahan biji rumput sarung calon akar itu juga akan tertembus dan sisanya akan tinggal sebagai badan yang melingkar pada pangkal akar.
b. daun lembaga (cotyledo), yang merupakan daun pertama suatu tumbuhan. Daun lembaga dapat mempunyai fungsi yang berbeda-beda, a.l.
sebagai tempat penimbun makanan, yang lalu kelihatan tebal, seringkali mempunyai bentuk cembung pada satu sisi dan rata pada sisi yang lain, jumlahnya biasanya dua, dan duduk berhadapan pada sisi yang rata tadi. Dalam hal yang demikian nampaknya biji seperti terdiri atas dua belahan atau dua keping saja, oleh sebab itu daun lembaga seringkali dinamakan belahan biji atau keping biji, yang sebenarnya tidak tepat. sebagai alat untuk melakukan asimilasi, jadi bertugas seperti daun-daun tumbuhan biasanya. Memang seringkali dapat kita saksikan sendiri pada kecambah, bahwa daun-daun lembaga ini kemudian berwarna hijau dan tinggal agak lama pada tumbuhan yang masih kecil itu.
sebagai alat penghisap makanan untuk lembaga dari putih lembaga. Dalam hal ini daun lembaga itu merupakan suatu alat yang tipis, merupakan bagian yang memisahkan putih lembaga dari lembaganya. Karena bentuknya yang seperti perisai kecil, alat itu dinamakan skutelum (scutellum). Biji tampak utuh, dan bagian ini (daun lembaga tadi) tidak tampak dari luar.
Dalam keadaan yang demikian biji sama sekali tak memperlihatkan belahan atau keping biji.
c. batang lembaga (cauliculus), yang seringkali dapat dibedakan dalam dua bagian, yaitu:
ruas batang di atas daun lembaga (internodium epicotylum),
ruas batang di bawah daun lembaga (internodium hypocotylum).
Batang lembaga beserta calon-calon daun merupakan bagian lembaga yang dinamakan pucuk lembaga (plumula). Calon-calon daun itu ada yang sudah jelas, ada pula yang belum, sehingga yang dinamakan plumula seringkali hanya berupa titik tumbuh batang lembaga saja.
Jika akar lembaga pada rumput mempunyal suatu selubung, maka pada biji tumbuhan tersebut pucuk lembaganya pun mempunyai suatu selubung yang disebut sarung pucuk lembaga (coleoptilum).
Jumlah daun lembaga pada biji merupakan salah satu ciri yang penting dalam mengadakan penggolongan tumbuhan biji:
a. tumbuhan yang bijinya mempunyai lembaga dengan satu daun lembaga. Di sini daun lembaga mempunyai bentuk seperti perisai dan bertugas untuk menghisap makanan dari putih lembaga, dan dinamakan skutelum. Tumbuhan yang lembaganya hanya mempunyai satu daun lembaga disebut: tumbuhan biji tunggal (Monocotyledoneae), karena biji tampak utuh atau tunggal.
b. tumbuhan yang bijinya mempunyai lembaga dengan dua daun lembaga. Biji ini jelas kelihatan terdiri atas dua belahan atau dua keping, oleh sebab itu tumbuhan dengan biji yang bersifat demikian merupakan suatu golongan yang lain lagi yang dinamakan tumbuhan biji belah (Dicotyledoneae).
c. tumbuhan yang bijinya mempunyai lembaga dengan lebih dari dua daun lembaga, dapat sampai 15. Biji dengan lembaga yang mempunyai lebih dari dua daun lembaga hanya kita dapati pada golongan tumbuhan biji telanjang (Gymnospermae).
Sementara tumbuhan mempunyai biji yang lembaganya belum memperlihatkan bagian-bagian seperti diuraikan di atas, dan baru kemudian setelah perkecambahan akan nampak bagian- bagian tadi. Biji yang demikian a.l. terdapat pada tumbuhan anggerik (Orchidaceae).