La primera limitación, y a su vez la más importante, es la economía. Al reducir la densidad de animales y mejorar las condiciones de manejo aumentan los costes de producción, necesitando más espacio por animal, una mayor inversión en infraestructuras, y la formación del personal.
La segunda limitación planteada está relacionada con la complejidad de la gestión ambiental, donde se requieren soluciones técnicas avanzadas.
En este sentido, la gestión sostenible de los purines mediante plantas de biogás y planes de fertilización controlados presenta limitaciones técnicas y de control.
En el modelo de ganadería de las macro granjas, la producción esta diseñada para reducir la competitividad y aumentar los márgenes de beneficio, por lo que aplicar estas medidas podría generar resistencia por parte de las empresas productoras si no existen incentivos económicos o ayudas públicas, ya que estos cambios supondrían menos beneficios económicos para los particulares.
Estas soluciones exigen importantes inversiones económicas (relacionándolas con la limitación anterior), personal especializado y una planificación precisa para adaptarse a la capacidad real del suelo. En zonas con alta concentración de explotaciones ganaderas, el terreno no siempre puede absorber los nutrientes sin riesgo, lo que incrementa la posibilidad de contaminación de acuíferos por nitratos y emisiones contaminantes. Además, la insuficiencia de sistemas de control y seguimiento por parte de las administraciones puede dificultar que estas medidas se apliquen de forma efectiva y continuada.