Sejarah Pendidikan Sekolah Agama di Negeri Terengganu bermula dengan sistem sekolah pondok sebelum perang dunia kedua. Lahir daripada kesedaran para cendekiawan dan ilmuwan berpendidikan agama.

Pada peringkat awal penubuhan sekitar tahun 1930an, madrasah-madrasah ini adalah sumbangan  orang-orang dan juga Kerajaan Negeri. Sekolah-sekolah ini berasal daripada sekolah pondok dan dinamakan madrasah. Selepas itu Sekolah Agama ini dikenali sebagai Sekolah Arab.

Pada awal penubuhan Sekolah Arab , mata pelajaran berfokus kepada Agama dan Bahasa Arab. Selepas tahun 1960an, Sistem pendidikan Sekolah Arab ini telah dikaji dan sistem baru yang lebih sesuai telah diselaraskan dengan Kementerian Pelajaran dengan Bahasa Arab dan Pelajaran Agama tidak diketepikan. Sistem Peperiksaan SRP dan PMR mulai diperkenalkan dan pelajar-pelajar dikehendaki menduduki peperiksaan tersebut.

Bersesuaian dengan sistem pendidikan baru yang berorientasikan Sistem Pendidikan Kebangsaan itu maka, Sekolah-sekolah Arab seterusnya dipanggil Sekolah Menengah Agama Negeri Terengganu ( SMANT )