Pada pagi 1 Mac, satu pertempuran telah berlaku diantara PDRM dan pengikut Agbimuddin Kiram. Dua anggota PDRM dari kumpulan Komando 69 iaitu, Inspektor Zulkifli Mamat dan Sarjan Sabaruddin telah terkorban. Manakala, 12 pengikut Agbimuddin Kiram telah terbunuh dalam situasi tersebut 

Pada 3 Mac pada waktu 6.30 petang, seramai 6 anggota polis telah terkorban dalam serangan hendap oleh penceroboh bersenjata di Kampung Sri Jaya, Simunul, Semporna. Enam penceroboh turut terbunuh dalam situasi tersebut. Pihak polis masih menyiasat sama ada kumpulan ini mempunyai kaitan dengan pengikut Kesultanan Sulu. Sebelum ini, pada jam 7 pagi di hari yang sama seorang penceroboh telah dibelasah sehingga mati oleh penduduk kampung tersebut 

Pada 5 Mac, Malaysia telah menghantar 3 buah pesawat pejuang F/A-18 Hornet dan 5 Hawk bagi melancarkan serangan bom dari udara ke kawasan yang dikatakan merupakan tempat persembunyian pengikut Agbimuddin Kiram pada jam 7 pagi. Akhbar Berita Harian mengatakan, kira-kira 30 mayat penceroboh telah ditemui. Manakala, seorang telah ditembak mati. Sehingga kini, 67 penceroboh telah disahkan terkorban Man.akala, 149 lagi telah ditahan

 Berikutan insiden pencerobohan di Lahad Datu, polis Malaysia telah menangkap 104 warga Filipina yang disyaki ada kaitan dengan Jamalul Kiram III di bawah Akta Kesalahan Keselamatan (Langkah-langkah Khas) 2012, salah satu daripada pengganti Akta Keselamatan Dalam Negeri. Mereka termasuklah beberapa ahli keluarga Kiram yang memasuki negeri Sabah menggunakan identiti palsu. 111 pengganas Sulu juga berjaya ditangkap manakala lapan orang lagi didakwa di bawah Seksyen 121 Kanun Keseksaan kerana melancarkan peperangan terhadap Yang di-Pertuan Agong, yang mana jika sabit kesalahan boleh dikenakan hukuman mati di Malaysia