โครงงานคอมพิวเตอร์เป็นกิจกรรมที่ต้องทำอย่างต่อเนื่องหลายขั้นตอน และแต่ละขั้นตอนจะมีความสำคัญต่อโครงงานนั้นๆ การแบ่งขั้นตอนของการทำโครงงานอาจแตกต่างกัน ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับลักษณะของโครงงานและการวางแผนการทำโครงงาน ในที่นี้จะแบ่งการทำโครงงานออกเป็น 6 ขั้นตอนดังนี้

1. การคัดเลือกหัวข้อโครงงานที่สนใจจะทำ

โดยทั่วไปเรื่องที่จะนำมาพัฒนาเป็นโครงงานคอมพิวเตอร์ มักจะได้มาจากปัญหา คำถาม หรือความสนใจในเรื่องต่างๆ จากการสังเกตสิ่งต่างๆ ที่เกี่ยวเนื่องกับระบบคอมพิวเตอร์ หรือสิ่งต่างๆ รอบตัว ผู้เรียนสามารถจะศึกษาการได้มา ของเรื่องที่จะทำโครงงานจากตัวอย่างต่อไปนี้

สุดา ช่วยงานคุณพ่อซึ่งเป็นคุณหมอที่คลินิกรักษาโรคทั่วไป สังเกตเห็นว่าเมื่อคนไข้เก่ามาจะต้องมีการค้นหาประวัติคนไข้ ซึ่งเก็บไว้ในตู้เอกสารซึ่งมีปริมาณมาก ทำให้เสียเวลาค่อนข้างมาก กว่าจะหาพบ และตู้เอกสารยังใช้เนื้อที่ในร้านค่อนข้างมาก อีกด้วย ดังนั้นสุดาจึงเสนอทำโครงงาน "ระบบจัดการข้อมูลของคลินิกรักษาโรคทั่วไป" เพื่อพัฒนาระบบคอมพิวเตอร์ ในการจัดเก็บข้อมูลคนไข้ทั้งหมดไว้ในเครื่องคอมพิวเตอร์ เพื่อเป็นการประหยัดเนื้อที่ที่ใช้ในการจัดเก็บข้อมูล และประหยัดเวลาในการค้นหาข้อมูลคนไข้

สมานเป็นผู้เรียนที่ชอบวิชาฟิสิกส์เป็นอย่างมาก มักจะได้รับการขอร้องจากเพื่อนๆ ให้ทบทวนเนื้อหาต่างๆ ให้เพื่อนๆ ฟังอยู่เสมอ ซึ่งเมื่อสมานได้เรียนวิชาการเขียนโปรแกรมแล้ว เกิดความคิดขึ้นว่าถ้าเขาสร้างโปรแกรม ช่วยสอนสำหรับวิชาฟิสิกส์ขึ้นมา ให้เพื่อนๆ ได้ใช้ คงจะเป็นเครื่องมือเป็นอย่างดีในการทำให้เพื่อนๆ เข้าใจเนื้อหาได้ชัดเจนขึ้น ดังนั้นสมานจึงเสนอโครงงานเรื่อง "โปรแกรมช่วยสอนเรื่องการเคลื่อนที่แบบโปรเจ็กไตล์"

จิราภรณ์, ทิพนาฎและธิติกร ได้ทำโครงงานเรื่อง “โปรแกรมสร้างแบบทดสอบการเรียนการสอนบนอินเทอร์เน็ต” เกิดจากการที่ปัจจุบันอินเทอร์เน็ตได้เข้ามามีบทบาทในวงการศึกษามากขึ้น ทำให้เกิดการเรียนรู้อันหลากหลาย ซึ่งไม่ได้จำกัดอยู่เพียงห้องเรียน ไม่จำกัดผู้เรียน กระบวนการเรียนรู้ในบางเนื้อหาวิชามีความจำเป็นที่จะต้องมีการทดสอบ กระบวนการวิเคราะห์ผลจึงควรจะต้องมี จึงได้คิดวิชาความรู้บนเครือข่ายอินเทอร์เน็ตขึ้น