[AI創薬]
佐藤 敦子（D2, 4月入学）
AIと分子動力学シミュレーションを融合した高精度代謝部位予測法の研究
Atsuko Sato, Naoki Tanimura, Teruki Honma, Akihiko Konagaya: Significance of Data Selection in Deep Learning for Reliable Binding Mode Prediction of Ligands in the Active Site of CYP3A4, Chemical and Pharmaceutical Bulletin, Vol.67, No.11, pp.1183-1190 (2019).
doi.org/10.1248/cpb.c19-00443
Atsuko Sato, Hitomi Yuki, Chiduru Watanabe, Jun-ichi Saito, Akihiko Konagaya, Teruki Honma: Prediction of the site of CYP3A4 metabolism of tolterodine by molecular dynamics simulation from multiple initial structures of the CYP3A4-tolterodine complex, Chem-Bio Informatics Journal, 17, 38-52 (2017).
doi.org/10.1273/cbij.17.38
Bharata Kalbuaji (D2, 10月入学）
Epigenetic Study between Normal and Cancer Cell Using NGS data from Bile Duct Cancer Patients, CBI2015 poster presentation PDF
[分子ロボット]
Greg Gutmann (Assistant Professor)
Gregory Gutmann, Ryuzo Azuma, Akihiko Konagaya: A Virtual Reality Computational Platform Dedicated for the Emergence of Global Dynamics in a Massive Swarm of Objects, J. of he Imaging Society of Japan, 57(6), pp.647-653 (2018). PDF
doi.org/10.11370/isj.57.647
Greg Gutmann Daisuke Inoue, Akira Kakugo, Akihiko Konagaya: Parallel Interaction Detection Algorithms for a Particle-based Live Controlled Real-time Microtubule Gliding Simulation System Accelerated by GPGPU, Inter. J. of New Generation Computing (NGC), First Online 03 March (2017).
doi.org/10.1007/s00354-017-0011-5
Arif Pramudwiatmoko (D3, 10月入学)
Arif Pramudwiatmoko, Satoru Tsutoh, Gregory Gutmann, Yutaka, Ueno, Akihiko Konagaya: A high-performance haptic rendering system for virtual reality molecular modeling, Artif Life Robotics 24, 542–549 (2019).
doi.org/10.1007/s10015-019-00555-9
Arif Pramudwiatmoko, Satoru Tsutoh, Gregory Gutmann, Yutaka, Ueno, Akihiko Konagaya: Haptic Rendering Applied to Hand Tracking 3D User Interface for a Molecular Environment, in 25th International Symposium on Artificial Life and Robotics (ISAROB2019).
源氏絵DB
Xiaoran Hu, Mariko Inamoto, Akihiko Konagaya: Recognition of Kuzushi-ji with Deep Learning Method: A Case Study of Kiritsubo Chapter in the Tale of Genji, The 33rd Annual Conference of the Japanese Society for Artificial Intelligence, 2019.
卒業生（含中退、満期退学、休学）
平成30年度
浅見 俊 学位論文 「抗がん剤における民族差及び個体差に関する研究」
Shun Asami, Daisuke Kiga, Akihiko Konagaya: Constraint-based Perturvation Analysis with Cluster Newton Method : A Case Study of Personalized Parameter Estimations with Irinotecan Whole-Body Physiologically Based Pharmacokinetic Model, BMC Systems Biology, Vol.11 (Suppl 7): 129 (2017).
doi.org/10.1186/s12918-017-0513-2
Norwich Mungkalaton
Master Thesis: Computational framework for the classification of hERG
potassium channel blockers
新井直樹 中途退学
津野駿幸 修論「仮想空間上の灯明光源効果を用いた時代屏風経年変化モデルの提案」
津野駿幸，稲本万里子，小長谷明彦：仮想空間上の灯明光源効果を用いた時代屏風の再現，人工知能学会全国大会（第32回），2K2-02，鹿児島 6月5日 (2018).
横田優治 卒論「360度カメラ映像を用いた六条院のVR化」
平成29年度
Vutha Phav
e-commerce business infrastructure in developing countries
Vutha Phav, Akihiko Konagaya: An E-commerce Infrastructure Growth Analysis and Estimation: A Case Study of Cambodia and China, in Proc. of the Fifth Asian Conference on Information Systems (ACIS2016), Krabi, Thailand (2016).
Bulibuli Mahemuti
Investigation of the Microtubule Dynamics with Probabilistic Data Association Filter, NEMS2016 (accepted)
Daiske Inoue, Bulbul Mahemoti et al.: Depletion Force Induced Collective Motion of Microtubles Driven by Kinesin (Nanoscale, 2015) doi.org/10.1038/SNR02213D
加藤拓也 卒論「深層学習による源氏絵の解析」
加藤拓也，稲本万里子，小長谷明彦：深層学習法による源氏絵の流派推定，
人工知能学会全国大会（第32回），2D1-05，鹿児島 6月5日 (2018).
平成28年度
河野 文弥
ディープラーニングによるAFM画像解析
渡邊 健太
論理型言語を用いたLOD推論システム
Dennis Merkus
Swarm Intelligence
平成27年度
Li Wenxing
GPU parallelization of game engine
平成26年度
Bulibuli Mahemuti
Automated Microtubule Path Tracking on Gliding Assay Using Hidden Markov Model
(Molecular Robotics Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas Workshop, Sendai, 2014 Mar.)
Greg Gutmann
Real-Time 3D Microtubule Gliding Simulation
(in Proc. of LSMS & ICSEE 2014, Shanghai, Sep.20-23, China, 2014 Sep., PDF)
Real Time 3D Microtubule Simulation
(Molecular Robotics Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas Workshop, Sendai, 2014 Mar., PDF)
平成２５年度
Vutha Phav
Computational Approaches to Epigenetics for the Prognosis and Therapeutics of Breast Cancer (Oral Presentation,InCoB2013, Taigcang-China)
Kenta Yoshida
Application of Cluster Newton Method for the Anaylsys of Phisilogically based Pharmacokinetic (PBPK) Models
(InCoB2013 Supplement BMC Systems Biology,PDF)
Han Yuexing, 原 章斗
Recognition of DNA Nanostructures on Atomic Force Microscopy (AFM) Image: First Experience on DNA Pliers (ATISR2013,PDF)
Automatic Recognition of DNA Pliers in Atomic Force Microscopy Images (NGC, 2015)
doi: 10.1007/s00354-015-0305-4
平成２４年度
Vutha Phav
Computational Approach to ChIP-Seq of ER-α and H3K4me3 for Promoter Regulator in Breast Cancer
平成２３年度
Yasunori Aoki
Cluster Newton Method for Sampling Multiple Solutions of an IUnderdetermined nverse Problem: Parameter Identification for Pharmacokinetics
NII Technical Report
平成２２年度
マルチコアアーキテクチャのための蜜行列LU分解のプログラミング技術
里城晴紀
情報処理学会論文誌コンピューティングシステム
平成２１年度
Cell/B.E.におけるSIMD論理関数を利用した編集距離計算の実装法
Cell Challenge 2009 （規定課題部門第３位受賞）
平成20年度
サポートベクトルマシンを用いた仮想集団収束方法に関する研究
修士論文 渡辺 崇
kernel PLS上の零空間サンプリングを用いた仮想集団の収束方法に関する研究
学士論文 尾崎 賢人
平成19年度
オントロジーとシミュレーションを用いた薬物間相互作用予測に関する研究<br>
修士論文 有熊 威
BMC Bioinformatics
オンチップ並列モンテカルロシミュレーションの最適化手法の提案
学士論文 里城 晴紀
CELL Speed Challenge 2008（自由課題部門第2位受賞）
CellSpeed Challenge 2008 （規定課題部門第１位受賞）
ブースティングアルゴリズムを用いたＳＮＰチップの解析手法<br>
学士論文 田中 章
OpenMPを用いた粒子シミュレーションの並列化と結果の可視化<br>
学士論文 堤 孝広
平成18年度
自己組織化マップによるRNA編集部位予測に関する研究
修士論文 星野哲平
ベイジアンネットワークによるホモロジー検索結果からの配列選択規則の学習
修士論文 齋藤正貴
三変数対数正規分布に基づくマイクロアレイデータ解析
学士論文 梅野 太輔
Chaos Game Representation に基づく遺伝子配列間距離の精緻化に関する研究
学士論文 山中 遼太
XMLを用いたミトコンドリアＤＮＡ多型情報の表現法に関する研究
学士論文 渡辺 崇
平成17年度
ハイブリッド型推論システムの構築と薬物間相互作用への応用
修士論文 渡辺健太郎
モンテカルロシミュレーション法による細胞膜上のラフト形成
修士論文 北川哲次
BMC Bioinformatics
バイオインフォマティクス向け宣言的ワークフローからのWebサービスコールの自動生成に関する研究
修士論文 新原敦介
三項関係に基づくADMEオントロジー構築法の提案
学士論文 有熊威
Chaos Game Representationを用いた遺伝子配列間距離に関する研究
学士論文 上村宗生
平成16年度
RNA editing対応配列アライメント法の提案
学士論文 星野哲平
Web Serviceを用いたゲノムアノテーションの研究
学士論文 齋藤正貴
平成15年度
硬い微分方程式系における細胞周期モデルの研究
学士論文 渡辺健太郎