Комарівський ліцей організовує навчання за інституційною (очна) та індивідуальною (екстернатна, сімейна, педагогічний патронаж) формами навчання.
Комарівський ліцей організовує інклюзивне навчання для дітей з особливими освітніми потребами відповідно до актів законодавства у сфері освіти і науки.