BioEdit – програма для редагування біологічних послідовностей і аналізу ДНК.
MAFFT – інструмент для вирівнювання послідовностей ДНК, РНК або білків.
MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) – інструмент для філогенетичного аналізу та досліджень еволюційної генетики.
PAUP – програмне забезпечення для побудови філогенетичних дерев і аналізу молекулярних даних.