Instansi Vertikal DJBC

• 18 Kantor Wilayah

• 2 Kantor Wilayah Khusus

• 3 Kantor Pelayanan Utama

• 104 Kantor Pengawasan dan Pelayanan Bea Cukai

Unit Pelaksana Teknis DJBC

• 5 Pangkalan Sarana Operasi

• 3 Balai Laboratorium Bea Cukai