El valle sobre el que se asienta Genicera comenzó a emerger del mar durante el período Carbonífero, hace aproximadamente 300 millones de años, como resultado de la orogenia Varisca o Hercínica, que desencadenó una intensa actividad tectónica en la región. Posteriormente, experimentó un nuevo levantamiento durante la orogenia Alpina. Durante su formación y el progresivo ascenso hacia la superficie, quedaron expuestos diversos tipos de rocas sedimentarias que previamente se habían acumulado en el fondo marino. Entre las más representativas se encuentran las calizas del Carbonífero, las areniscas, los conglomerados y las pizarras. Las intensas presiones ejercidas durante la formación de estos relieves dieron lugar a un conjunto de pliegues con buzamientos invertidos, donde las capas más recientes quedaron hundidas, permitiendo que las más antiguas afloraran en la superficie.

El territorio se caracteriza por un sustrato de rocas sedimentarias (cuarcitas, pizarras, calizas, entre otras), depositadas en ambientes marinos de aguas someras durante el Carbonífero. Entre ellas destacan las calizas rosadas o "griotte", pertenecientes a la Formación Geológica Genicera, una unidad litoestratigráfica de la Cordillera Cantábrica compuesta principalmente por calizas y dolomías. Estas se formaron en un antiguo ambiente marino tropical somero, donde el carbonato de calcio se depositó gracias a la actividad de organismos marinos como corales y briozoos, en una plataforma carbonatada.

El río principal que atraviesa el valle, el Valverdín, es un curso joven que apenas ha incidido en la roca mediante procesos de erosión, lo que explica la ausencia de terrazas fluviales en el área. Sin embargo, en el fondo del valle, donde hoy se asienta Genicera, se observan depósitos aluviales cuaternarios. Estos depósitos descansan sobre pizarras y calizas de la formación San Emiliano (Carbonífero), que incluyen niveles calcáreos responsables de modular el filón que recorre el valle de este a oeste, formando crestas como La Corona y el Socueto. Hacia el norte, en la frontera natural con Canseco y Redilluera, afloran calizas masivas de la formación Valdeteja (Carbonífero), las mismas que conforman la vertiente meridional del valle, donde se encuentran altas crestas como Cueto Calvo y Peña el Mediodía.

Al descender por esta ladera hacia la localidad se identifican las siguientes unidades estratigráficas:

Finalmente, el Puerto de Sancenas, configurado como un valle glacial, experimentó un intenso desgaste debido a la erosión y al empuje del hielo. Este proceso eliminó las capas superiores de calizas de la formación Santa Lucía, dejando expuestas en la superficie las capas previamente mencionadas, dispuestas en una estructura sinclinal.