Les Îles des Moluques étaient du XVe aux XIXe siècle structuré selon le principes des "Quatre Piliers" constitués par les quatre sultanat majeurs de la région: le Sultanat de Bacan, le Sultanat de Jailolo (dans l'île d'Halmahera), le Sultanat de Ternate et le Sultanat de Tidore.
Ces quatre sultanats symbolisent l'unité et la complétude des Moluques qui était toutefois dominée grandement par Ternate et Tidore, dont le réseau maritime et commerçant s'étend de Célèbes à la péninsule de Doberai.
Parmi les grands rivaux de Ternate et Tidore on peut aussi noter les Sultanats des Bugis et les Sultanats de Makasar (dans le sud des Célèbes).
Entre 1500 et 1521, le sultanat de Ternat est dirigé par le sultan Bayanullah qui propage l'islam dans tout son royaume jusqu'au territoire limitrophe de celui-ci (et même au-delà), qui habitua son peuple aux nouvelles techniques de fabrication de bateaux et d'armes obtenues des Arabes et des Turcs afin de renforcer les troupes de son sultanat.
En 1512, le Portugal débarqua pour la première fois à Ternate sous la direction de Francisco Serrao en demandant l'approbation du sultan: Celui-ci autorisa le Portugal à établir un poste commerciale... mais le Portugal est venu non seulement pour commercer mais surtout pour contrôler le commerce des épices, de la noix de muscade et des clous de girofle à Maluku et pour cela leur plan est clair, ils doivent d'abord conquérir et assujettir Ternate.
Et l'occasion rêvée venait d'arriver avec la mort du sultan Bayanullah en 1521, celui-ci laissa des héritiers encore très jeunes et deux visions différentes allaient s'affronter:
Le Portugal a profité de cette opportunité pour plonger le royaume dans une guerre civile opposant l'Impératrice Nukila soutenue par le Sultanat de Tidore aux prince Taruwese soutenu par le Portugal. Sans surprise le prince Taruwese remporta la guerre...mais il fut rapidement trahi par le Portugal qui le fit secrètement assassiné. Le gouverneur du Portugal réussit à persuader le conseil royal de nommer le prince Tabariji comme sultan avant de l'exilée à Goa. Quelques années plus tard, le prince Tabariji, toujours a Goa, fut contraint à signer un accord pour faire de Ternate un royaume chrétien et vassal du Portugal et de céder un grand nombre de régions du royaume en échange de quoi il serait remis sur le trône. Mais l’accord fut totalement rejeté par le nouveau sultan Khairun Jamil qui monté sur le trône à un jeune âge était considéré comme facilement manipulable par les Portugais, et une fois connue par la population provoqua la colère des habitants de Ternate. Heureusement Tabariji mourut en route épargnant le sultanat d'une nouvelle guerre civile.
Bien que connaissant désormais les machinations des Portugais, le sultan Khairun n’a pas rompu ses relations avec les Portugais car il s’est rendu compte que la position portugaise à Maluku était très forte et que l’influence portugaise dans le palais était si forte qu’il devait rester en contact avec eux tout en cherchant un moyen de libérer son royaume de leurs griffes. Dans ce but il chercha activement un soutien extérieur, par l'intermédiaire du Sultanat d'Aceh, le sultan établit des relations avec l'Empire Ottoman qui lui fournit armes, canons et intellectuels.
En 1546, le missionnaire François Xaverius vint à Ternate et demanda l'autorisation de transmettre le christianisme dans le royaume. Le sultan a autorisé les activités missionnaires à Maluku mais à condition que celles-ci ne soient destinées qu'aux habitants qui adhéraient encore à l'animisme, tout en interdisant toute action visant les musulmans.
Mais rapidement manquant à sa parole le missionnaire enfreint le règlement et de plus les Portugais eurent l'idée s’utilisaient les activités missionnaires comme armes contre le Sultanat afin de créer un certain nombre de royaumes chrétiens vassaux qui avaient été incités à s’opposer à Ternate. Ce comportement méprisable a provoqué la colère du sultan Khairun qui a finalement ouvertement déclaré la guerre aux Portugais puis a maîtrisé un à un, les petits royaumes rebelles et a même pu envoyer un certain nombre de navires pour aider les sultanat de Demak et d'Aceh à prendre d'assaut les Portugais à Malacca. La forteresse où se trouvait le siège du gouverneur portugais à Ternate était assiégée en parallèle. En 1558, alors que le fort portugais de Ternate était encerclée, le sultan Khairun nomma son fils prince Laulata gouverneur d’Ambon et fut chargé de frapper la position portugaise dans le sud de Maluku et de conquérir de nouvelles régions pour Ternate. Le vice-roi portugais à Goa a ensuite envoyé une importante flotte à Ambon pour repousser les troupes du sultanat de Ternate. Pendant un certain temps, leurs efforts ont abouti avant que le sultan Khairun ne revienne pour envoyer une expédition à Ambon.
En raison de son impuissance, le gouverneur portugais a lancé un appel en faveur de la paix au sultan Khairun, qui a ensuite été accueilli de bonne foi. Tous les privilèges portugais concernant le monopole du commerce des épices ont été supprimés, mais ils étaient toujours autorisés à commercer et à concurrencer librement les commerçants de l'archipel ou étranger.
Ainsi sous Khairun Jamil, Ternate était devenu l'un des trois sultanats les plus puissants et un centre islamique majeur de l'archipel du XVIe siècle, aux côtés d'Aceh et de Demak (après la chute de Malacca en 1511). Le sultan Khairun est connu pour être très tolérant et depuis la paix conclut les centres d'activités missionnaires et la construction d'églises ont été autorisés à rouvrir à Maluku.
Cependant, cette atmosphère de paix a été secrètement exploitée par les Portugais qui en 1569 reconstruisirent leur forteresse à Ambon et rassemblèrent leurs forces en vue de définitivement annexer le sultanat. Informée de l'intention des Portugais et ne voulant pas être le second Malacca, le sultan forma une coalitions avec les sultanats d'Aceh et de Demak pour endiguer la menace du Portugal dans l'archipel.
Le sournois gouverneur du Portugal, Lopez de Mesquita, invita le sultan Khairun à visiter sa forteresse le rassurant sur ses intentions, le sultan Khairun donna suite à l'invitation et ne partit alors accompagné que d'une poignée de gardes. Et en un instant le sultan fut tué avec ses gardes de façons cruel et sauvage. Le gouverneur portugais espérait qu'avec la mort du sultan, la population de Maluku serait découragée et dispersée.
L’assassinat injuste du sultan Khairun fut au contraire une sources de motivation supplémentaire pour les habitants de Ternate pour chasser le Portugal. Le fils du sultan Khairun, Baab fut nommé nouveau sultan de Ternate et avéra être encore meilleur que son père. Les Moluques dans leur ensemble ont maintenant soutenu la direction et la lutte du nouveau sultan Baabullah et après 5 ans de guerre, le Portugal quitta définitivement Maluku en 1575. Le succès du peuple ternate sous le sultan Baabullah lors de l'expulsion du Portugal en 1575 fut la première victoire indigène de l'archipel sur les puissances occidentales.
Sous la direction du sultan Baabullah, Ternate atteignit son apogée: il s'étendait du nord et du centre de Sulawesi à l'ouest jusqu'aux îles Marshall à l'est, du sud des Philippines au nord aux îles Nusa Tenggara au sud. Le sultan Baabullah était surnommé le souverain des 72 îles habitées, ce qui faisait du sultanat de Ternate le plus grand royaume islamique de l'est de l'Indonésie, en plus d'Aceh et de Demak qui contrôlaient les régions occidentales et centrales de l'archipel à l'époque.
Le Sultanat de Ternate à l'aube 1585 (**)
Notes:
*: Le mot Papo signifiant littéralement "à unir" et Ua signifiant "pas unie", a rapproché du fait que le territoire était "uni au sultanat de Tidore", cela d'autant plus que le territoire de l'actuelle province de Papouasie occidentale était de base vassale du sultanat de Ternate au sein de l'Uli Siwa contrairement à Tidore qui était chef de filles du groupe de l'Uli Lima.
Petit à petit, les Tidorais ont commencé à se référer à la population et au territoire des terres profondes de l'île par le terme de Papua, d'autant plus aidée par le fait que les papous étaient ethniquement et socialement différents des Ternatais. Il est possible que le mot se soit confondu par ressemblance avec les mots malais suivants: