Inspektorat Kabupaten Halmahera Timur merupakan bagian dari perangkat daerah yang memiliki fungsi pengawasan internal pemerintah daerah (APIP). Keberadaannya tidak bisa dipisahkan dari terbentuknya Kabupaten Halmahera Timur itu sendiri.
Kabupaten Halmahera Timur resmi berdiri berdasarkan:
Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2003
yang merupakan hasil pemekaran wilayah dari Kabupaten Halmahera Tengah di Provinsi Maluku Utara.
Seiring terbentuknya daerah otonom baru, maka dibentuk pula perangkat daerah, termasuk Inspektorat Daerah sebagai unsur pengawas penyelenggaraan pemerintahan.