El Departamento de Innovación Educativa, tiene la función de coordinar las actividades relacionadas con la acreditación, que otorga el Consejo Mexicano para la Acreditación de la Educación Médica A.C. (COMAEM), organismo avalado por el Consejo para la Acreditación de Educación Superior (COPAES). mismo que, se encarga de las tareas del Sistema Nacional de Acreditación de los Planes de Estudio de Medicina, que desarrollan las escuelas u facultades de medicina en México.