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樣品量需求 (Sample Requirement )
樣品量需求 (Sample Requirement )
Serum/Plasma 30uL
Cultured Cell 1‐10 million cells
Tissue 10 to 50mg
Normalization
血清與血漿樣品一般以固定取樣體積進行 normalization。若為細胞或組織樣品，則建議於萃取完成後，由使用者取回殘留的 pellet 進行蛋白質含量測定，並於後續數據分析時以蛋白質量進行 normalization。
Users are responsible for measuring the total protein content of each sample. To ensure consistency and comparability, all samples must be measured on the same plate. The resulting protein values will be used for data normalization after sample analysis.
樣品前處理: 手動與機械手臂自動化處理
樣品前處理: 手動與機械手臂自動化處理
本核心設施導入機械手臂自動化樣品前處理流程，可進行樣品分注、萃取液添加、混合、轉移與上機前準備等步驟，以提升樣品處理效率、降低人為操作誤差，並增加批次間分析結果的一致性與重現性。此流程特別適合大量血清/血漿樣品、標靶代謝體分析與需高度標準化之前處理作業。
Automated Sample Preparation Using the Opentrons Flex Robot
The Opentrons Flex Robot, equipped with 8- and 96-channel pipettes, enables standardized and reproducible sample preparation. This automated workflow helps reduce pipetting bias, improve precision, and minimize sample-to-sample variation.
Reproducible Sample Preparation Using Automated Liquid Handling and Manual Workflows
Both automated liquid handling and manual sample preparation workflows are available. The analytical results show good reproducibility, with CV values typically below 10%.
樣品前處理方法 (Sample Preparation Portocol)
樣品前處理方法 (Sample Preparation Portocol)
Sample Preparation Protocol for Serum/Plasma, 下載(download).
LC-MS Metabolite Profiling of Serum.pdf2. Sample Preparation Protocol for Serum/Plasma by TO Flex, 下載(download).
ot_flex_polar_lipid.pdf3. Sample Preparation Protocol for Cell Pellet, 下載(download).
LC-MS Metabolite Profiling of Cell Pellet.pdf4. Sample Preparation Protocol for Tissue, 下載(download).
LC-MS Metabolite Profiling of Tissue.pdf5. Sample Preparation Protocol for Biphase, 下載(download).
Biphase_LC-MS Metabolite Profiling of Tissue.pdf非標靶分析（Untargeted Analysis ）
非標靶分析（Untargeted Analysis ）
本核心設施提供以高解析質譜為基礎之非標靶代謝體分析服務，透過 LC–HRMS 偵測樣品中廣泛的小分子代謝特徵，適合用於未知代謝物探索、差異分子篩選與 biomarker discovery。資料分析可搭配 Compound Discoverer 進行 peak picking、retention time alignment、feature extraction、分子式推測、資料庫比對與 MS/MS 譜圖註解，協助研究人員比較不同處理組、疾病模式或生理狀態下的整體代謝變化。
使用高解析Orbitrap 與 LC-MS 掃描代謝物組譜，分析結果進行主成分分析（PCA）、群聚分析與差異代謝物探勘
標靶分析（Targeted Analysis ）
標靶分析（Targeted Analysis ）
本核心設施提供標靶式 LC–MS/MS 分析服務，涵蓋極性小分子代謝物與脂質分子之偵測與相對定量。極性小分子分析可應用於醣解作用、三羧酸循環、胺基酸、核苷酸及中央碳代謝相關研究；脂質分析則可針對磷脂、三酸甘油酯、鞘脂及其他脂質類別進行分子層級比較。此服務適合已有明確研究標的、代謝路徑或候選分子之實驗設計，可協助評估不同處理條件、疾病模式或生理狀態下的代謝變化。
研究型標靶分析(20分梯度流洗): 使用 Triple Quad 執行 MRM 分析，進行特定代謝物的絕對與相對定量，支援定量曲線與 QC 樣本比對，可整合 Pathway Mapping、代謝通路注釋與統計資料分析。
極性代謝物分析（Polar Metabolites）：200種目標物極性分子包含醣類、有機酸、胺基酸、核苷酸等，以 HILIC 或 reversed-phase LC-MS 進行高靈敏檢測。
非極性脂質體分析（Lipidomics）：800種目標物脂質涵蓋磷脂、甘油三酯、膽固醇酯、鞘脂等，以 reversed-phase LC-MS/MS 分析脂質譜。
請參考 Baker Lipidomics Platform
2. 生醫型標靶分析(5分鐘梯度流洗)
本核心設施提供生醫型標靶代謝體分析服務，採用快速 LC–MS/MS 分析方法，約 5 分鐘沖提時間即可完成單一樣品分析，適合大量生醫樣本、臨床前研究、細胞實驗或動物模式樣品之快速篩檢。此方法可針對特定標靶代謝物進行高通量相對定量，協助研究人員快速比較不同處理組、疾病模式或生理狀態下的代謝變化。
極性代謝物分析（Polar Metabolites）：135種目標物極性分子包含醣類、有機酸、胺基酸、核苷酸等，以 HILIC 或 reversed-phase LC-MS 高解析質譜儀OE240進行高準確度與高解度檢測。
非極性脂質體分析（Lipidomics）：248種目標物脂質涵蓋磷脂、甘油三酯、膽固醇酯、鞘脂等，以 reversed-phase LC-MS/MS 高解析質譜進行高準確度與高解度分析脂質質譜。
參考文獻: Anal. Chem. 2026, 98, 13, 9564–9576
代謝流分析(Metabolic Flux Analysis, MFA)
代謝流分析(Metabolic Flux Analysis, MFA)
本核心設施提供以穩定同位素標記為基礎之代謝流分析服務，利用同位素取代／示蹤策略，例如 13C 標記基質，追蹤代謝物中同位素分布變化，以評估細胞或生物樣本中代謝路徑的活性與碳源流向。本平台可結合液相層析串聯高解析質譜技術，針對約 135 個標靶代謝物進行偵測與相對定量，涵蓋醣解作用、三羧酸循環、胺基酸代謝、核苷酸代謝及相關中央碳代謝路徑，協助研究人員解析不同處理條件、疾病模式或基因調控下的代謝重編程現象。
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