基因體研究中心質譜核心設施提供多元化之質譜分析服務，支援生命科學、醫學、代謝研究、醣科學、蛋白質體學及分子影像等相關研究需求。本核心設施配置多種先進質譜平台與液相層析系統，涵蓋高解析質譜、串聯質譜、三重四極桿質譜、離子遷移質譜及質譜影像分析等技術，可應用於小分子代謝物、脂質、醣類、醣蛋白、胜肽、蛋白質及組織切片中小分子分布佈之分析。
本核心設施提供從實驗設計諮詢、樣品前處理、儀器分析、資料處理到結果詮釋之整合型服務，協助研究人員依據研究目的選擇合適的分析策略與質譜平台。服務項目包含非標靶代謝體分析、研究型標靶分析、生醫型標標靶分析、極性小分子分析、脂質體分析、醣類與醣蛋白分析、蛋白質鑑定與定量、質譜影像分析，以及客製化方法開發。
為提升分析結果之可靠性與再現性，本核心設施重視品質管制、標準化流程、內標準品應用、資料品質評估與跨批次穩定性監測。透過專業質譜技術與資料分析能力，核心設施致力於提供高品質、可解釋且具研究應用價值之質譜分析服務。