台灣大學何國榮教授受推舉為籌備召集人，於國內相關領域多位教授奔波協助下，終於在2003年7月順利成立，由何國榮教授擔任第一屆理事長。 台灣質譜學會目前會員人數約為750人，除了每年定期舉行年會、研討會外，更於每年分別在北、中、南開辦質譜訓練課程，推廣質譜應用技術。 

機械工作室於2018年乃應中研院的台灣高階儀器研發計畫(Taiwan Advanced Instrumentation Project)需求成立，高階儀器的發明經常帶來新科技與新產品的問世，並對創新人才、產業升級、民生品質提升有所助益。台灣高階儀器研發計畫配合「數位國家．創新經濟發展方案」之重要的國家發展戰略，以中央研究院與國內多所研究機構的研究為磐石，建立儀器開發基礎設施，促成自研自製的儀器和設備。

機械工作室協助自主研發可攜式質譜儀和MALDI TOF 質譜儀的研發，過程中累積經驗成長茁壯，服務項目從簡易加工至高精密的研發製作，目前工作室的設備涵蓋了傳統手動及電腦數控精機，能從事高精密之真空組件設計與製作。2021年，中央研究院與成功大學合作成立了高階儀器研發設施，提供高彈性和高整合的儀器開發服務。

中央研究院基因體研究中心於2003年元月正式成立，翁啟惠院士應聘回國擔任首屆中心主任，積極規劃研究方向、人才延攬以及進行研究大樓興建。2006年10月翁院士接任院長，主任一職由陳仲瑄院士代理，次(2007)年7月正式接任為中心主任，至2016年7月卸任；第三任主任由洪上程特聘研究員擔任，至2022年7月卸任，目前主任一職由張典顯研究員代理。本中心的任務為「進行基因體、蛋白質體、與醣質體之科學研究，以致力於找尋與確認人類疾病之標的物，發展新穎的治療方式來消弭與克服疾病」，期待將所研發的重要成果技術轉移給新創科技公司，予以產業化，帶動台灣生技產業之發展。

基因體研究中心自成立以來，在李遠哲院士及翁啟惠院士二位前任院長的大力規劃與推動之下，成功地延攬國內外一流的科學家，以及建立世界級的生技製藥研究設施，有效地整合跨領域的研究平台。人才多元化為本中心一大特色，中心專任研究人員有物理學家、化學家、工程科學家、資訊科學家、生物學家和醫學人才，互相激勵出高創意的研究。本中心遴聘多位享譽國際的科學家擔任學術諮詢委員，與中心保持密切連繫，提供具前瞻性的建議，提升中心的研究水準。本中心並與國內大學、醫院及研究機構合聘傑出研究人員，加速跨領域研究之進行。

本中心與國內大學以合作學程方式積極從事博碩士班人才培育工作，中心研究人員也參與本院國際研究生學程(TIGP)，或透過與國內大學合聘、兼任，從事教學，以培育高級研究與技術專才，促進生命科學教育及生技產業的深耕及發展。

在2004年11月中心大樓啟用後，積極建立各項先進的研究設施。目前已建置亞洲第一部、國內唯一超高速藥物篩檢系統，並設立一座龐大的化學藥庫，收集或合成的化合物超過250 萬種。此外也建置完善的研究設施，包括新型生物質譜技術平台、核磁共振結構儀、X光結晶結構測定儀、微陣列檢測系統、HPLC高效能液體層析儀、遺傳標記分析儀、醣體分析系統、胜肽合成設施、抗體開發及優化平台、動物實驗核心設施及三級生物安全實驗室等，奠定新藥研發之基礎環境，銜接轉譯醫學研究，並加強院外合作，使得尖端生技及新藥的開發研究更具國際競爭力。