Органом управління Запорізького академічного ліцею № 46 є департамент освіти і науки Запорізької міської ради відповідно до повноважень, визначених Положенням про департамент освіти і науки Запорізької міської ради.
Відокремлений структурний підрозділ департаменту освіти і науки Запорізької міської ради — Центральний відділ освіти — виконує функції органу управління Запорізького академічного ліцею №46 відповідно до повноважень, визначених положенням про цей підрозділ.
Засновник Запорізького академічного ліцею № 46 через орган управління здійснює його фінансування, матеріально-технічне забезпечення, надає необхідні будівлі, інженерні комунікації, обладнання, організовує будівництво і ремонт приміщень, їхнє господарське обслуговування, харчування учнів.
Ліцей у своїй діяльності керується Конституцією України, Законами України "Про освіту", "Про загальну середню освіту", іншими нормативно-правовими актами, власним Статутом.
У 2024-2025 навчальному році в ліцеї працює:
- директор ліцею;
- заступники директора:
- з навчально-виховної роботи – 3;
- з виховної роботи - 1;
- заступник з адміністративно-господарської роботи – 1;
- практичний психолог;
- соціальний педагог;
- педагог-організатор;
- завідувач бібліотеки;
- медична сестра.
Вчителі:
- початкових класів – 7;
- основної і старшої школи – 43, із них:
вчителів німецької мови – 10;
англійської мови – 4;
української мови і літератури – 5;
зарубіжної літератури – 2;
математики – 4;
історії та правознавства – 2;
географії – 1;
біології – 2;
хімії – 1;
фізики та астрономії – 2;
інформатики – 4;
фізичної культури, захисту України – 4;
технологій, трудового навчання – 1
інтегрованого курсу "Здоров'я, безпека і добробут", основ здоров'я - 1.
Із них:
спеціалісти вищої категорії - 33;
спеціалісти першої категорії - 5;
спеціалісти другої категорії - 9;
спеціалісти - 11.
Мають педагогічні звання:
старший учитель - 12;
учитель-методист - 20;
керівник куртка-методист - 1.
Технічні працівники - 22.