Ao depositar matéria orgânica em rios, lagos, esgotos, lixões entre outros, também é liberado o gás metano, porém a diferença é que esse gás vai para a atmosfera, contribuindo com o efeito estufa, e também com a contaminação de lençóis freáticos com chorume. Com o biodigestor o biogás (metano) é completamente guardado e pode ser utilizado de diversas formas, dentre elas na cozinha e como matriz energética para motores.