Dentro de um biodigestor encontram-se bactérias e arqueas, que são responsáveis por processos decompositores. As bactérias utilizam a matéria orgânica, depositada no biodigestor (todo tipo de matéria orgânica pode ser colocada em um biodigestor), como forma de energia para si própria (processo decompositor). Sempre que as bactérias fazem esse processo elas geram resíduos, que na etapa final do processo é liberado o gás metano (CH4), que é um grande vilão do efeito estufa, sendo 20 vezes pior que o dióxido de carbono (CO2).