Após ocorrer os processos de decomposição, a matéria orgânica que se encontra no fundo do biodigestor estão reduzidas a micromoléculas que, quando desidratadas e secas, podem ser utilizadas como biofertilizantes que também possuem diversas utilidades como a reposição de nutrientes para plantas aumentando a fertilidade do solo, fixação biológica de nitrogênio, solubilização de fosfato, produção de hormônios vegetais (fito estimuladores), produção de substâncias no solo que podem atuar na resistência a pragas e doenças e proteção a estresse abiótico. O litro de um biofertilizante custa em média 10 reais.